小儿感染门诊（即传染门诊）位于儿童医院主楼一层的东侧，按其功能分为呼吸道传染病专诊区、肠道传染病专诊区、传染性肝炎专诊区三部分。每个诊区内都设有专门的诊察室、处置室、治疗室、临时输液观察室。其中呼吸道传染病专诊区内设有猩红热、水痘、流行性腮腺炎等专病诊室。可以进行小儿常见传染病的诊断和治疗。门诊内设有单独的挂号、收款台及专门的药房，基本作到挂号、收款、发药不出诊区。这样，既隔离了患者又方便了家长。
小儿感染门诊作为小儿传染病的专门门诊，能够诊治小儿猩红热、水痘、流行性腮腺炎、风疹、麻疹、细菌性痢疾、病毒性肝炎等常见病和多发病。多年来，经过医护人员的不断探求和实践，形成一套行之有效的特色治疗方法，如流腮的激光治疗、中药外敷、细菌性痢疾的灌肠治疗等，疗效显著简便实用，受到家长的好评。小儿感染门诊由两位具有专科经验的副主任医生主诊，并由经验丰富的护士提供处置。她们以精湛的医术、严谨的工作作风为广大的传染病患儿提供最佳的医疗服务。