吉林省中医院肛肠科为吉林省内最早成立的肛肠专科，有着较为悠久的历史。现已成为吉林省中医药管理局确立的重点专科，吉林省中医药管理局设立的省级大肠肛肠疾病研究室，吉林省中医肛肠学会、中西医结合肛肠学会主任单位，科室分为门诊、住院疗区、研究室三部分。住院疗区设病床30张，配有结肠水疗仪、肛肠综合检查治疗仪、高效电子治疗机、臭氧消毒剂生成机、电针仪、乙状结肠镜、冷光源等大型设备，为医疗、科研工作提供了方便条件。科室每年接诊大量结肠、直肠、肛门常见病及全国各地转来的疑难病症患者。主要病种有肛肠疾病；炎症性肠病；结、直肠肿瘤；息肉、息肉病；各种类型便秘；肠易激惹综合症；肛门周围各种皮肤病；各种肛门先天性疾病；医源性疾病；肛门直肠外伤等。科室现已经成熟开展包括直肠癌超低位保肛根治术、全结肠切除、先天性巨结肠，会阴下降综合症等各种肛门、直肠、结肠手术。对溃疡性结肠炎、腹泻、便秘等病症的非手术治疗充分发扬祖国医学辨证施治的优势，标本兼治，具有疗效显著，治愈后不复发等特点。对于直肠癌采取了国际最先进的术式，即直肠全系膜切除术，大幅度降低了局部复发率,大肠癌手术后，放化疗同时配合中医中药辅助治疗，大大提高了患者的生存率。
　　吉林省中医院肛肠科有22人，其中正高4人，副高3人，博士研究生一人，硕士研究生5人。科内有60张床位。
　　吉林省中医院肛肠科开展了多种特色疗法，其中电针白环俞术后止痛法、混合痔内剥外扎保留齿线术、肛周脓肿一次切开术为我科在国内首创，居于全国领先行列。多年来因“疗效好、疗程短、痛苦轻”在省内及全国闻名。
　　吉林省中医院肛肠科特色专病：各种常见肛肠疾病（如痔、肛瘘、肛周脓肿、肛裂等）；溃疡性结肠炎；便秘；肠易激惹综合征；结、直肠肿瘤；先天性巨结肠、阴道直肠瘘；尖锐湿疣；医原性疾病、肛门直肠外伤等。
重点研究方向：高位复杂肛瘘的治疗；中医药治疗结肠炎；各型便秘的诊治；大肠肿瘤的中医药参与治疗。
　　吉林省中医院肛肠科承担完成了多项国家、部、省级科研课题，先后发表国家级、省级专业论文数百篇，专业著作10余部。