济宁市中西医结合医院肛肠科是“济宁市“十一五”中医药重点专科”、“济宁市中医优势病种（肛肠病）治疗中心”。备有电子直肠结肠镜、中药熏蒸椅、中药自动灌肠机、大肠热疗仪等先进设备。科室医生均轮流到中国中医科学院广安门医院肛肠治疗中心、山东省中医院肛肠科进修学习。

　　科室坚持中医为本、中西结合的发展道路，本着建设“无痛、微创、突出中医特色”的建科目标。采用中西医结合治疗肛门湿疹、肛门瘙痒症等皮肤病变；中药保留灌肠治疗溃疡性结、直肠炎及肠易激综合征等慢性肠病；中药熏洗是肛肠科术后恢复期的特色治疗，对于消除或减轻水肿、疼痛，促进创面愈合等方面发挥着较为显著的效果；手术治疗各种痔、瘘、肛裂、肛周脓肿、直肠息肉及乳头状瘤、肛周化脓性大汗腺炎、直肠前突等；PPH手术治疗直肠脱垂及环状痔；开展了保留肛门的低位直肠癌切除手术。消痔灵注射治疗直肠粘膜脱垂、直肠完全脱垂（脱肛）及部分内痔，中医优势明显，特色鲜明。