神经外科应社会及医院发展的需要于1994年建立独立的科室，十多年来受到医院领导及社会各界的高度重视和关照，业务技术力量得到了迅速的发展，现有主任医师1名，副主任医师2名，主治医师1名，床位25张。配套设备有双螺旋CT，1.5T核磁共振，数字减影脑血管造影机，脑电、脑地形图，脑干诱发电位等先进仪器。

科室主任周南开，主任医师，1996年被市卫生局任命为首批跨世纪学科带头人培养对象，先后获得了市卫生局优秀共产党员(2000年)，重庆市青年岗位能手(2001)，渝中区先进工作者(2000年—2006年)等称号，他曾在国内多家著名医科大学学习深造，带领全科医护人员救治了大量的重型颅脑损伤病人，成功地开展了垂体肿瘤、小脑肿瘤、听神经瘤、脑干肿瘤等深部脑肿瘤的手术治疗，颅内动脉瘤夹闭术，脑血管疾病的介入治疗，脊髓髓内肿瘤摘除等高难度、高风险的手术治疗，收到良好的临床效果。并于1999年初在市内率先开展选择性脊髓后根切断术(SPR)治疗痉孪型脑瘫获得成功，现已完成选择性腰骶神经后根切断术和选择性颈神经后根切断术数百例，使许多脑瘫患儿走进了学堂。2006年再次创新，在西南地区率先采用选择性颈部肌肉. 神经切除术治疗痉挛性斜颈，现已治愈了来自全国各地的斜颈患者数十例，有效率达100%，使这一顽症得以攻克，重庆各大媒体予以特别关注和报道。