五官科是医院的重点专科，其以眼科为龙头的诊疗技术居上饶市领先，现扩建为江西省唯一的市级眼病专科医院——上饶市眼科医院。眼科医院分设眼一科、眼二科、视光学中心、白内障超声乳化治疗中心、准分子激光近视治疗中心、耳鼻喉科。医院设备先进、技术精湛，对诊治眼科常见病、多发病、疑难病具有丰富临床经验和独特疗效。开展的角膜移植术、玻璃体切割术、视网膜复位术、白内障超声乳化术、眼睑肿瘤摘除、眼睑成形术、后发障、眼底病激光治疗等达到省内或国内先进水平。

    视光学中心：拥有美国雷赛准分子激光仪、综合验光仪、诱发电位视觉诊疗系统等先进的手术设备及医学验光配镜系统、小儿斜弱视治疗设备。开设项目：框架眼镜、软、硬性角膜接触镜、三棱镜、渐变镜等多项光学验配；屈光不正的增视治疗、斜弱视的视功能训练、准分子激光近视矫正手术等。其中准分子激光矫正手术无需住院，微创无痛，只需十分钟，便可轻松治疗近视。

    白内障超声乳化治疗中心:拥有目前江西省内唯一的世界最顶级眼科手术设备——美国爱尔康LEGACY20000型珠峰系列超声乳化手术系统，具有冷超乳模式，切口小、恢复快、效果好、安全稳定，是目前治疗白内障的首选方法，由专门白内障手术专家进行手术，收费合理，疗效满意，深受病友称赞。引进全世界最先进的ACCURUS400VS25G超速全功能玻璃体视网膜手术系统。具有微创、切口小、恢复快的特点，广泛用于玻璃体疾病，眼内异物，眼内炎症，晶状体脱位等治疗，手术损伤小，术中牵拉轻，出血少，术中术后反应轻，恢复快。

    准分子激光近视治疗中心:拥有美国FDA认证的最新一代雷赛准分子激光治疗仪，独特的小光斑飞点扫描系统，三维立体角膜地形图检查系统，在同行领先；高速眼球主被动跟踪系统，让每一束激光准确无误的照射在手术区，保证手术质量更完美。手术时间短、术中术后无疼痛感觉、安全、有效；术后视力稳定，第二天即可恢复视力，并可正常工作学习。

    耳鼻喉科：拥有鼻内窥镜、耳内镜、喉内镜等先进设备。广泛开展鼻内镜下鼻息肉、鼻窦炎、鼻中隔、泪囊炎、鼻甲切除等手术，具有操作精细、微创、无疤痕等优点；还开展了中耳炎乳突根治术、鼓室成型术、鼓膜修补术、扁桃体摘除术、腺样体切除术、声带息肉、声带小结摘除术、食道异物取出术、气管异物取出术、头颈部手术。如：腮腺切除术、颌下腺摘除术，舌下腺摘除术，甲状舌管囊肿或瘘切除术等。