上海儿童医学中心呼吸科是内科主要专业之一，设有哮喘、支气管镜、肺功能、呼吸睡眠障碍、间质性肺病和呼吸感染6个亚专业。每周开设6天呼吸哮喘专科门诊，其中达到50%以上的预约率。现有专业病床17张，主要收治肺炎、肺不张、支气管扩张、支气管哮喘、先天支气管肺畸形、胸腔疾患、慢性肺疾患、间质性肺病等。配备有肺功能室、纤维支气管镜室、呼吸道感染病毒细菌病原实验室、睡眠呼吸障碍实验室。在常规开展通气肺功能、脉冲震荡、潮气呼吸、呼出气NO、气道反应性测定基础上，近年开展经胸腔镜肺活检、支气管镜下的激光、冷冻、异物钳取、球囊扩张等多项介入治疗，使各种呼吸相关疑难杂症的诊治水平得到了进一步提高。共有医护人员25名，整体实力雄厚，结构合理。医师队伍中现有高级职称以上人员4人，博士3名，硕士5名。先后承担国际交流基金8项，市科委基金2项，发表SCI文章18篇，统计源期刊论文32篇，编写专著6本。