内分泌病科成立于2005年，为雅安中西医结合内分泌病重点专科，集医疗、教学、科研、融门诊、病房为一体。对内分泌常见病、多发病如糖尿病、痛风、甲状腺疾病、代谢综合征、骨质疏松等，严格按照内分泌治疗指南，采取中西医结合专病专治和专科管理，疗效较好。参与省部级科研项目有：国家级科研项目：“固本活血通络方治疗糖尿病肾病蛋白尿的随机对照临床研究”；国家中医临床研究糖尿病基地科研专项课题“三七粉剂治疗2型糖尿病多中心随机对照临床研究”。拥有胰岛素泵4台，胰岛素泵合动态血糖监测仪1台。
在继承祖国传统医学精髓的同时，结合自身实际，不断利用我院中医特色优势对中西结合诊疗糖尿病进行创新，以中西医结合治疗为特色，采取综合治疗，开展专科特色医疗和优势技术，有效提高糖尿病患者血糖控制的达标率，全面防止糖尿病并发症的发生与发展。糖尿病专科严格按照我国糖尿病防治指南，定期举办糖尿病知识讲座，加强糖尿病患者的教育。