南京医科大学第三附属医院外二科由胸外、泌尿外二个专业组组成，共有医护人员15人，其中副主任医师一人。胸外开展了食道癌根治术、 贲门癌根治术、肺癌根治术、纵隔肿瘤切除术以及各种类型的严重胸外伤抢救和治疗，其中食管癌、贲门癌根治术等手术成功率在本地区名列前茅。此外，胸外还开展了经胸腔镜下肺大泡切除术等微创手术。泌尿外科能诊治各种泌尿外科常见病、多发病以及各类疑难杂症，开展了膀胱肿瘤切除术、肾癌根治术、肾上腺嗜铬细胞瘤切除术、前列腺增生症经尿道电切除术，还开展了血精患者的精道造影术、前列腺穿刺活检术等手术。对泌尿系统感染也有较丰富的诊治经验。外二科护理组对昏迷、气管切开及重大手术后病人的护理具有丰富的临床经验。