儿科由门诊儿科诊疗中心、急诊及儿科病房组成，儿科病房设非感染和感染两个病区，并拥有独立通道的儿童活动室。现有主任医师3名、副主任医师2名、主治医师3名，硕士生导师3名。配置有STEPHAN呼吸机、CPAP PM-900多功能监护仪、微量血多功能血液分析仪、早产儿培养箱、光疗箱、经皮测黄疸仪、无菌治疗床等仪器设备。

儿科医疗技术力量雄厚，对儿科常见病、多发病及小儿危重病症的抢救具有丰富的临床经验。都鹏飞院长尤其擅长小儿各种心血管疾病诊治，如各种先天性和后天性心脏疾病、高血压等的诊断与治疗，在全省享有盛名。杨俐琦主任在小儿内分泌疾病，如甲状腺疾病、小儿生长发育迟缓、身材矮小、性早熟等具有丰富的诊治经验。王宁玲主任尤其擅长小儿血液肿瘤性疾病的诊治，在安徽省儿科界率先开展儿童白血病的MICM诊断和儿童急性淋巴细胞白血病分层诊断和分层治疗，提高了儿童急性白血病的治愈率;并应用 ATG联合免疫抑制疗法治疗儿童重型再生障碍性贫血取得良好疗效，开展儿童免疫性血小板减少性紫癜免疫发病机制的研究以及其他血液病的治疗。

随着科室的发展将建立重症新生儿监护病房，进一步建立小儿呼吸、小儿心血管、小儿内分泌、小儿消化等二级学科;与相关科室协作，开展缺血缺氧性脑病等危重新生儿早期干预康复治疗;逐步建立身材矮小、儿童哮喘、儿童保健、血液等专科专病门诊。