神经外科始建于1997年，2001年科室独立后得以发展，被列大学为重点学科脑病中心，目前拥有床位24张。上海中医药大学中西医结合外科(神经外科)硕士学位授予点。2003年成立了心脑血管疾病研究所。

上海中医药大学临床优势脑病专科科室， 神经外科于临床医疗、教学、科研为一体，普遍开展各种神经外科常见病多发病疑难病的诊断和治疗。已开展业务有显微外科治疗各种脑脊髓肿瘤(听神经瘤、失状窦旁、大脑镰旁、小脑幕、桥小脑角以及凸面脑膜瘤、胶质瘤、胆脂瘤、脊髓髓内髓外肿瘤)、各种脑血管疾病(蛛网膜下腔出血、脑出血、脑缺血等)、颅脑脊髓先天性疾病。各种颅内血肿(高血压脑出血、外伤性出血)微创治疗。脑血管病的介入治疗。并开展功能神经外科的治疗及神经外科中西医结合早期康复治疗。