简而言之，真性色汗症的形成原因是大、小汗腺自身功能失调或摄入外源性色素后，汗腺分泌出有色汗液。
具体而言，绝大多数顶泌汗腺色汗症为特发性原因，被视为是由内在因素所致，其发病过程与脂褐素有关。脂褐素是一种黄棕色色素，通常存在于各种组织细胞的细胞质中，顶泌汗腺同样含有脂褐素颗粒。
顶泌汗腺色汗症患者体内的脂褐素数量增多和/或处于氧化状态，且脂褐素氧化程度越高，脂褐素颜色越深，而脂褐素氧化会导致汗腺分泌的汗液着色，因此才导致这类色汗症患者相应呈现出黄色、绿色、蓝色等“彩虹色系”（轻中度氧化）甚至棕黑色（高度氧化）等更深的色彩。
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