洪水过后，灾区面临环境污染、传染病易流行等问题，必须采取有力措施，严防传染病暴发流行。具体防治措施：
第一，治理环境卫生，严防水体污染。及时清理倒塌房屋，在清理垃圾、粪便等之前，要先进行清洁和消毒，严禁接触各种污染水体，做到不喝生水。在洪水围困期，要加强对水体污染的监测和管理，对于被洪水淹没、污染的水源或蓄水池，应立即清理修复，重新蓄水后做彻底消毒方可饮用。
第二，做好自我防护。大范围开展灭蚊、灭蝇和灭鼠工作，清除孳生地，消灭控制钉螺。同时，要加强自我防护，搭建防蚊帐，涂抹驱蚊剂，不要在有钉螺处休息宿住。尽量不赤足接触江河湖水，下田劳动要穿田靴、戴防护手套，以避免感染钩端螺旋体病、血吸虫病等；血吸虫流行区口服吡喹酮，可预防血吸虫病；口服强力霉素或土霉素，可预防霍乱及副霍乱；注射钩端体疫苗，可预防钩端螺旋体病等。同时要避免过度疲劳，要有足够的睡眠，以筑起体内免疫屏障。
第三，注意食品卫生，严格做到“十不”，杜绝“病从口入”。即不吃淹死或死因不明的家禽家畜肉；不吃腐败变质的食品；不使用污水洗瓜果、碗筷；不喝生水；不共用毛巾和牙刷等。除注意饮食外，最好每餐吃醋和蒜，既增加胃内酸度，又增强胃肠道防御能力。
第四，积极做好卫生宣教工作，普及防病抗病知识。要做到防患于未然，当地医务人员和防疫工作者要深入灾区开展群众性健康教育活动，普及防病知识，实行集体预防和个人预防相结合，主动预防与被动免疫相结合，让灾区人民提高防病意识，自觉主动采取防范措施，提高自我保健和防护能力。
第五，防疫部门要做好洪水过后的消毒、杀虫、灭鼠工作，提供药品、器械和指导。常用消毒药品有二氯异氰尿酸钠、漂白粉、净水片，常用杀虫药品有残杀威、马拉硫磷、氯氰菊酯等。灭鼠则采用鼠夹、鼠笼、粘鼠板等。常用喷雾器械有背负式机动喷雾机、手提气压式喷雾器、飞机超低容量喷雾装置等。
第六，加强疫情监测和医学观察。坚持早发现、早报告、早隔离、早治疗，把疫情控制在萌芽之中。注意各种传染病的发生及流行趋势、疫情动态，及时报告，严格隔离制度。参加抗洪的人员离开灾区后，要对他们进行医学观察，观察时间要超过传染病的潜伏期。