鞭虫的致病作用主要包括成虫寄生在人体肠腔所引起的肠壁组织机械性损伤、夺取营养和引起宿主免疫反应几个方面。
（一） 胃肠道症状
鞭虫成虫寄生于人体盲肠和升结肠，一般轻、中度感染时可无明显的临床症状。而在重度感染时，其寄生的部位可延伸至结肠、直肠、回肠下段及阑尾。由于鞭虫头部钻入肠黏膜，虫体机械损伤肠壁组织及其分泌物的刺激作用，使肠壁局部组织出现炎症反应、充血、水肿、点状出血、小溃疡或形成肉芽肿。病人可出现食欲不振、恶心、呕吐、阵发性腹痛、慢性腹泻或便秘、大便隐血或带鲜血，并容易并发肠道细菌感染。
（二）全身症状
成虫以吸食人的血液和组织为营养，因此在严重感染者，肠壁寄生鞭虫数量较多，损伤也较严重，虫体不断吸食渗出的血液。病人因长期慢性腹泻可引起营养不良、消瘦、乏力、缺铁性贫血，血红蛋白可降至5克左右，出现一系列贫血所引起的症状。严重感染的儿童，甚至可引起直肠脱垂并出现大出血现象。少数患儿心脏扩大、四肢浮肿、甚至死亡。
（三）其它
部分患者因虫体引起过敏而出现荨麻疹、嗜酸性粒细胞增多、发热、头昏、头痛等症状。此外，还可诱发阑尾炎，并发阿米巴痢疾、细菌性痢疾、结肠穿孔、肠梗阻、肠套叠、腹膜脓肿等。偶有报告鞭虫病引起消化道大出血的病例。重度感染的鞭虫病患者可出现杵状指。