成虫在肝胆管内寄生，虫体的机械性损伤和分泌物、代谢产物的刺激使胆管上皮细胞脱落、增生，管壁增厚，管腔变窄，周围纤维组织增生，严重时可使附近的肝实质萎缩，甚至肝硬化。胆管阻塞、胆汁淤滞和胆管扩张可引起阻塞性黄疸。胆汁引流不畅容易导致细菌感染，发生胆管炎症。虫卵、死亡虫体及其碎片、脱落的胆管细胞可能构成结石的核心，发生胆石症。国内外一些资料提示华支睾吸虫感染与胆管癌、肝癌的发生有的关系。
（一）急性期
由于吞食大量囊蚴所致。主要表现为寒战、高热、食欲不振、恶心、呕吐、厌油腻食物，腹痛常阵发性加剧，有的可向右肩放射性疼痛，巩膜黄染，白细胞和嗜酸性粒细胞均明显增高。华支睾吸虫免疫学检查强阳性等。若患者体质差，救治又不及时，可造成死亡。
（二）慢性期
若感染度轻，或每次吃进囊蚴数不多，日积月累感染虫数慢慢增加，则表现为缓慢发病，就诊时间往往在患病后数年，甚至更长时间。依据症状轻重一般可分为以下3型。
1．无症状型或轻型 大部分患者无明显的自觉症状或仅有轻度胃肠道症状。
2．中等症型 主要表现为食欲不振、消化不良、腹痛、腹胀、上腹不适、腹泻等上消化道症状以及轻度浮肿、肝肿大等。
3．重症型 胃肠道症状显著，腹泻较突出，并有倦怠、消瘦、心动过速、眩晕、抽搐、精神抑郁等。由于肝脏损伤较严重可能出现毒血型，少数病例可有黄疸、肝硬化。在严重晚期患者可出现门静脉高压、脾肿大、腹水和浮肿等综合征。若得不到及时治疗最后可并发其他感染，出现肝昏迷，胃肠出血等症，或由于长期腹泻导致严重脱水和水电解质平衡紊乱而死亡。重度感染患儿，发生生长与智力发育障碍，甚至出现侏儒症。（三）并发症
1．胆囊炎、胆管炎 在胆管内有多数虫体寄生或胆石形成时，可使胆管阻塞、胆汁淤滞，容易细菌感染引起胆管炎、胆囊炎等。由细菌感染而致死的大量虫体阻塞肝外胆管时，可发生急性化脓性胆管炎。
（1）急性胆囊炎、急性胆管炎：急性胆囊炎的主要临床表现是右上腹疼痛，可阵发性绞痛伴恶心、呕吐和发热，黄疸发生率较低。单纯胆囊炎的发热不伴寒战，体温多在38~39℃之间，波及胆总管时寒战、高热明显。右上腹胆囊区有明显触痛和肌强直。
重症华支睾吸虫病患者常合并急性胆管炎，由于成虫梗阻致胆管内的流体静水压增高，可使毛细血管和毛细胆管的上皮细胞坏死、破裂。胆汁以及其中的细菌、内毒素等透过毛细胆管的屏障进入血流，引起高胆红素血症，脓毒败血症，重者还可伴感染性休克。如果较多的细菌在毛细胆管、胆小管周围产生急性炎症，可致细菌性肝脓肿。临床表现为右上腹疼痛、畏寒、发热等。
（2）慢性胆囊炎：慢性华支睾吸虫病患者多数合并慢性胆囊炎。主要临床表现为右上腹部不适和消化不良。
2．胆石症 胆石症是华支睾吸虫病感染最具有特征的并发症之一。临床表现主要取决于结石造成的阻塞程度和是否有细菌感染，结石在胆总管处嵌顿合并细菌感染时临床表现为右上腹疼痛、黄疸、寒战、高热等。
3．肝癌、胆管癌 关于华支睾吸虫能引起原发性肝癌和胆管癌，过去缺乏有力的证据，但随着华支睾吸虫病的病理学、临床学和流行病学的深入研究，越来越多资料表明，本虫与原发性肝癌，尤其是与胆管癌的发生可能有的关系。