驱虫治疗是华支睾吸虫病的病因治疗，也是最重要的治疗。应据患者感染程度选用不同剂量。一般来说，感染度重者用较大量的驱虫药才能达到治疗的目的，感染度轻者则量较少。当患者一般情况较差，不能耐受大量驱虫药时，虽感染度较重，也要采用少量多次方法。对绝大多数病人，大便的虫卵计数可作为判定感染度的参考。
目前临床最常用的驱虫药有两种。
（一）吡喹酮
吡喹酮为广谱抗扁虫药物，吸收快、代谢快、排泄也快、毒性低。轻度感染者可采用总量75 mg/kg体重，3次分服，疗程1天。中、重度感染者的总剂量可达120~150 mg/kg体重，6次分服，疗程2天。
该药不良反应轻，少数病人有头昏、头痛、腹泻、恶心、乏力等不良反应。偶见轻度心动过缓，一般不影响治疗。常用治疗剂量对肝肾无明显不良反应。使用大剂量吡喹酮时，应先了解当地有无囊虫病流行，询问病史，因为吡喹酮同时杀死颅内囊尾蚴，导致严重不良反应。
有些患者在服药后出现腹痛，可能是死亡虫体从胆管排出，刺激胆管引起痉挛或暂时性梗阻致胆绞痛，多见于治疗后1~2天，也可在治疗后10天方出现，又称迟发性反应，一般不经处理可自行缓解。疼痛剧烈时可选用阿托品0.5~1mg皮下注射。
（二）阿苯达唑
阿苯达唑为广谱抗线虫药，对华支睾吸虫也有较好效果。剂量为每天8 mg/kg体重，分1~2次口服，连服7天，治后1个月复查虫卵阴转率为95.5%；不良反应轻，一般仅有少数病人出现口干、乏力、嗜睡、头晕、头痛、食欲不振、呕吐、腹痛等症状，多不影响治疗。
合并病毒性肝炎的治疗问题：华支睾吸虫病合并病毒性肝炎时肝损害的症状一般较重，转氨酶升高和黄疸并不是驱虫治疗的禁忌证。在保肝降酶治疗的同时可应用吡喹酮驱虫，宜采用少量多次给药的方式，驱虫治疗后肝功能有一定程度的恢复。地驱虫可减少两种疾病相互干扰给治疗带来的困难。