明确诊断后，若患者症状不突出，无需给予药物治疗，加强观察即可；若症状明显，可考虑小剂量服用抗甲状腺素药物，不会对胎儿构成不利影响。建议他巴唑，每次10mg，每日只服1次；也可用丙硫氧嘧啶，每次服50mg，每日2～3次。大多数患者只需用药1～2个月，至妊娠中期就可停药，极个别患者需要用药至分娩前。
妊娠合并甲亢的临床表现，主要是在妊娠早期出现怕热、心动过速、易激动等高代谢症状，以及有失眠、烦躁、乏力等植物神经症状，诊断的重要依据是血清甲状腺素测定，若T4、T3慢性增高，若既往无甲亢，甲状腺无肿大，就可诊断为生理性或一过性的妊娠合并甲亢。一过性甲亢属于生理性，多于妊娠早期发生，至妊娠中期逐渐恢复正常。
因此，大多数妊娠合并甲亢属于一过性甲亢，发病原因是由于妊娠后雌激素增高，刺激肝脏合成甲状腺素结合蛋白增加一倍之多，从而使得血清甲状腺素T4和三碘甲腺氨酸T3均升高。此外，绒毛膜促性腺激素的刺激也可使得血清甲状腺素增高。
妊娠期的病理性甲亢极为少见，发病率极低，即便是孕前就患有甲亢，也往往在怀孕后因免疫活性降低而自行缓解或减轻。
手术治疗在孕早期易引起流产，在孕晚期会导致早产，即使在孕中期手术也有诸多风险，如诱发甲亢危象、麻醉意外等。而抗甲状腺药物治疗，则相对容易控制，更为。
甲亢的治疗包括抗甲状腺药物、手术和同位素治疗三种方法。放射性同位素在孕期禁用，这是因为胎儿甲状腺在妊娠9～10周就有浓集碘的作用，如果应用碘的同位素行放射治疗，极易损伤胎儿的甲状腺功能，造成胎儿性先天性甲低，即“呆小病”。
另外，也容易引起妊娠高血压综合征妊高征、产后感染和甲亢危象。但甲亢孕妇若用药不慎会导致胎儿甲低，表现为胎儿体重增长缓慢，胎心率偏慢，如胎心110～120次/分，胎动减少，羊水偏少；药物造成的先天性甲低胎儿，预后可能不良，不仅先天发育不良，而且智力低下，俗称“呆小病”。故对于妊娠合并甲亢的患者，应该极为慎重，选择的治疗措施。
患有甲亢的孕妇若不经治疗或治疗不完全，可致流产、早产或死胎，胎儿宫内发育迟缓发生率会增高。