参比实验室于1995年由卫生部确定为国家级结核病专业实验室—国家结核病参比实验室。

负责全国结核病细菌学工作的规划实施等技术管理。其主要职能有：①根据国家结核病控制规划(NTP)的要求，负责全国结核病细菌学检查规范，协调和督导各省(市、自治区)参比实验室开展工作;②建立全国结核病细菌学检查技术标准化操作规程及生物安全等规章制度;③建立结核分枝杆菌涂片、培养及药敏试验质量保证体系;④全国结核病耐药监测; ⑤分枝杆菌菌种鉴定;⑥建立分枝杆菌菌株库;⑦对省(市、自治区)参比室技术人员进行培训;⑧开展实施性研究。国家结核病实验室承担着北京市自然科学基金、北京市科技新星和首都医学发展基金等多项科研课题。

参比实验室的主要临床工作是：承担医院的门诊及住院病人的结核病细菌学检查工作，包括各种标本的涂片、集菌、分离培养(经典罗氏培养及MGIT-960快速培养)、药物敏感性测试、菌种鉴定、PCR检测等。