肛肠科分为肛肠一科和肛肠儿科
　　肛肠一科建于1979年，至今已有三十多年的历史。经过长期不懈努力，科室业务建设已具备一定规模，是楚雄州唯一一个以中医中药为主、中西医结合治疗大肠肛门疾病的专科。2011年6月通过云南省重点中医专科评审，现为国家中管局十二五重点中医专科建设单位。肛肠疾病诊疗水平居全州领先地位。
　　肛肠一科现开设病床30张，有一支高素质医护队伍，其中主任医师1人，副主任医师2人，主治医师1人，副主任护师1人，主管护师1人。专科拥有奥林巴斯电子结肠镜、LC-100A肛肠病电脑诊疗系统、TRM多功能肛肠腔内治疗仪、中药电脑超声雾化熏洗仪、氦氖激光治疗仪、结肠灌洗机、生物反馈治疗仪等先进的专科诊疗设备。研制开发出了系列专科中药自制制剂：便血合剂、抗炎合剂、痔消洗剂、黄连止痛膏、红药膏等运用于临床，使该专科在大肠肛门病的临床诊疗工作中独具特色，诊疗程序科学、规范。
　　肛肠二科成立于2015年4月1日，于2016年5月26日搬迁至五号楼11楼。现开设病床30张，有医护人员19人，其中副主任医师2人，主治医师2人，主管护师3人，紧紧围绕以病人为中心，以治疗为核心，让病人方便、放心、满意为服务宗旨，以特色的人性化服务及健康指导服务于广大患者。
　　设有奥林巴斯电子结肠镜、TRM多功能肛肠腔内治疗仪、氦氖激光治疗仪、结肠灌洗机等先进的专科诊疗设备。运用中医及中西医结合的方法治疗各种肛肠疾病，有独特疗效的多种自制制剂，如：便血合剂、抗炎合剂、痔消洗剂、黄连止痛膏、红药膏等，在大肠肛门疾病的临床诊疗工作中独具特色，诊疗过程科学、规范。通过四诊八纲辨证，因时因人施护，积极开展熏洗术、耳穴埋豆减缓疼痛，增进疗效。