儿科医院心胸外科为我国最早建立的小儿心胸外科专业之一。近30年来，在学科建设、人才培养和社会服务方面都有长足的发展。至今已施行小儿心血管手术5000余例，手术成功率在98%以上，另有1000余例胸部疾病患儿得到有效治疗。对各类先天性心脏病的治疗积累了丰富的临床经验，尤其对新生儿、婴幼儿复杂先天性心脏病取得了突破性进展，如新生儿、早产儿完全性大动脉错位的动脉调转术，完全性肺静脉异位引流、房室共道纠治手术及各类姑息性的体-肺分流术、肺动脉环缩手术、腔肺分流术等，还有体外循环中含血心肌保护、改良超滤技术的应用。近年开展的微创心脏手术，效果良好，广受病家欢迎。

每年施行各类心胸外科手术600余例，每年在各类国内外专业杂志发表论文40余篇，共编写专著20余篇。曾获国家级、省部级科技进步二、三等奖9项。另外，每年都要承办“全国先天性心脏病诊断治疗学习班”。近年来，与外宾开展广泛合作，包括美国Maine心脏中心、芝加哥儿童医院、加拿大温哥华儿童医院，香港葛量洪医院心脏中心等。每年外宾均会来院进行手术演示，进行复杂先心的手术治疗。