协和医院小儿外科历经数十年发展，是福建省内专科从事小儿外科疾病诊断治疗科研机构之一。目前拥有床位20张，目前拥有医师5人，现有婴儿培养箱，婴儿辐射台各1台，微波治疗仪1部，美国GE心电监护仪4部，美国Drager小儿呼吸机1台，日本OLYMPUS小儿膀胱镜系统1套，小儿OLYMPUS腹腔镜系统，十二导联直肠测压及生物反馈治疗仪申购中，现有医师5人，技术力量雄厚，诊疗水平已出于省内小儿外科的领先地位。2009年门诊量2000人次，手术量突破600台，收治住院病人1500人次，开展手术近600台，并开展胆道冲洗术，腹腔镜下睾丸探查，睾丸下降固定手术，改良Soave法经肛门巨结肠根治术，微波治疗血管瘤等新技术。
　　儿外科主要收治以下几类病种：
　　(1)新生儿外科：先天性肠闭锁、肛门直肠闭锁、十二指肠梗阻、胎粪性腹膜炎、新生儿巨结肠、腹裂、脐膨出、胃扭转、胃穿孔、肠旋转不良、先天性膈疝等疾病；
　　(2)小儿普通外科：甲状腺肿瘤、先天性巨结肠、肠套叠、肠道畸形及肿瘤、先天性胆总管囊肿、胆道闭锁、畸胎瘤、淋巴管瘤、血管瘤等病种；
　　(3)小儿泌尿外科：先天性尿道下裂、肾积水、肾输尿管重复畸形、肾肿瘤、隐匿性阴茎、输尿管囊肿、包皮过长、包茎、泌尿生殖器官畸形等疾病；
　　(4)小儿整形外科，骨科：先天性斜颈、手指多指畸形、手指并指等疾病；
　　(5)小儿肿瘤外科：肾母细胞瘤，神经母细胞瘤，肝母细胞瘤，卵巢肿瘤等疾病；
　　福建协和医院小儿外科不断汲取国内外先进经验，不断开展新技术。最近成功开展如下项目：
　　1、微创小切口施行小儿斜疝、鞘膜积液、阑尾炎等手术，该项目有创伤小、疗效好、恢复快、深受家长欢迎。
　　2、包皮内板或尿道板（如 snodgrass，Duckett，Duplay术式等）治疗各种类型尿道下裂，术后外观满意，成功率高。
　　3、先天性胆总管囊肿摘除，肠胆R－Y吻合术，彻底切除了病灶，防止残留囊肿壁癌变。
　　4、各种小儿肿瘤的诊断治疗，肾母细胞瘤，神经母细胞瘤规范化治疗。