肛肠科成立于解放初期，是全国最早开展肛肠业务的专科之一。在全国肛肠学界享有盛誉，是全省最早的肛肠专业硕士研究生招生点。目前为广东省中医重点建设专科、广东省中医药学会肛肠专业委员会主任委员单位和广州中医药大学肛肠外科硕士研究生招收点，全国第一批肛肠专业国家新药临床试验(GCP)基地。该专科现有大德路总院和珠海医院两个住院病区，设有病床60张。
　　特色专科：
　　①痔瘘专科：该专科在痔病的治疗方面，总结出一套包括薰洗、外敷、塞药、注射和针灸的治法和方药；目前已熟练开展痔术后自控镇痛技术和局部应用长效镇痛剂，较好地解决了痔术后的疼痛问题；开展各种痔、瘘微创手术，可明显减轻术后肛门疼痛并缩短住院天数，大大提高患者围手术期的生活质量。对高位复杂性肛瘘应用解剖学根治术和改良挂线法进行治疗，达到提高疗效、缩短疗程的目的。对肛门疑难疾病的诊断治疗亦有丰富经验。

　　②结直肠肿瘤专科：该专科在结直肠肿瘤的筛检和早期诊断方面有较丰富的经验。在治疗方面，采用以手术和中医药结合的中西医综合疗法，结直肠肿瘤患者生存率达到国内先进水平。手术上开展了最新的腹腔镜微创手术以及直肠癌扩大根治术，运用吻合器技术使直肠癌手术保肛率达到80%以上。中医方面则发挥中医抗癌的优势，肛肠专科根据不同阶段大肠肿瘤的特点，运用中医药疗法治疗，取得较好的效果：如在围手术期运用健脾益气或通里攻下法促进患者术后康复；运用温阳复方治疗肠癌术后肺部感染，临床疗效显著；在放疗、化疗期间运用健脾和胃、益气养阴法可起到减轻毒副反应、增强疗效的作用；在康复期运用中医药疗法可起到调节身体内环境、增强免疫功能、防止肿瘤转移复发的作用。

　　 ③顽固性便秘专科：该专科具备排粪造影、结肠运输试验、肛管直肠压力测定、盆底肌电图等全套诊断设备，可对顽固性便秘作出客观的诊断。治疗上，主要运用中医药内服、敷脐、灌肠、药物离子导入、针灸等综合疗法进行治疗，可避免因长期服用泻剂所带来的不良反应。对非手术治疗无效的患者，可选择手术疗法。 同时该专科还开展了炎症性肠病及肠瘘的中西医结合治疗，发挥两种治疗手段的优势，治疗效果满意。在肠造口专业护理方面也有丰富的经验。