广医三院胎儿医学中心（产前诊断科）是广东省首批通过评审并于2008年获得“产前诊断资质”，该中心专长：
　　（一）胎儿超声结构异常的评估与诊断、介入性产前诊断
　　（二）各种遗传病遗传风险的评估、咨询及诊断（孕前、产前、产后、新生儿或家族史）
　　（三）各种多胎合并症的评估、咨询、产前诊断及宫内治疗
　　胎儿医学中心（产前诊断科）依托广东省产科重大疾病重点实验室，广东省生殖与遗传重点实验室已和香港中文大学成立CMA联合实验室，建立了胎儿基因芯片平台；与深圳华大基因研究院进行合作，可以进行无创性胎儿DNA检查（单胎和双胎）并开展上百种单基因病的二代测序服务。
　　该中心可对双胎输血综合征、选择性胎儿宫内受限等胎儿疾病进行宫内治疗，目前已经接受来自全国各地的近百例复杂双胎患者进行宫内治疗手术；该院聘请香港中文大学母胎医学家梁德杨教授和遗传学家蔡光伟教授为该院客座教授，进行长期业务指导。