在建院之初，根据当时海员及社区居民疾病谱的特点，设置了呼吸内科专业，1987年成立了肺气肿治疗中心。目前本专业下设有呼吸内科专科专家门诊、住院病房、肺功能室。
　　呼吸内科专业在近20年的发展过程中，逐步开展了肺功能检查、胸膜活检、经皮肺活检术、支气管激发试验、纤支镜代胸腔镜检查术、支气管扩张试验，掌握了胸腔内注射尿激酶治疗结核性胸膜炎、双水平正压勇气治疗早期呼吸衰竭、胸膜粘连松解术、纤支镜引导肺泡冲洗术、纤支镜引导局部支气管造影术、纤支镜引导支气管气管支架术等高新技术，擅长治疗支气管哮喘、慢性阻塞性肺气肿、支气管扩张、肺心病等呼吸系统的常见疾病。呼吸内科专业的技术水平达到市内三级医院的水平。
　　本专业有副主任医师2名，主治医师2名。先后有16名医务人员到上级医院进修学习，发表学术论文120篇，完成省级科研立项1项，广州海运科研立项1项，医院立项12项。