华西医院肿瘤中心的前身为华西医科大学附属第一医院肿瘤科，建科于1960年，是西南地区最早开始肿瘤专科治疗的科室。经过40多年的不断发展，现已成为西南地区规模最大，国内一流的肿瘤治疗中心。，肿瘤中心原包括化疗、放疗、生物治疗三个科室。2007年以后，根据以病人为中心的原则进行了学科重组，按病种重新组合为腹部肿瘤科、胸部肿瘤科和头颈乳腺肿瘤科三个科室和一个放射物理技术中心。
　　华西医院腹部肿瘤科集合了原化疗、放疗、生物治疗和介入治疗科的优秀人才。现有医护人员80余名，其中教授5名、副教授6名、主治医师5名、住院医师及肿瘤专业研究生30多名、护理人员40名。主病区位于第三住院大楼7楼全层，病床140张，另有肿瘤综合病房、日间病房机动床位数十张。科室主治医师以上人员均为肿瘤学专业博士或硕士毕业，拥有长期的临床实践经验并且每年至少有1－2次到国外发达国家参加临床学术交流会议，获取最新医疗信息，保证了科室医疗技术在国内外的先进性。
　　华西医院头颈乳腺肿瘤科的主要研究方向及亚专业包括头颈部肿瘤、乳腺癌、恶性淋巴瘤、骨软组织肿瘤及肿瘤介入诊断及以头颈肿瘤、肝癌为主的介入治疗，基因靶向治疗等。科室集医疗、教学、科研于一体，拥有各级医护及专业技术人员共56人，包括主任医师5人，副主任医师3人，主治医师7人，住院医师2人，护士34人，技术员及工人5人。设有病床140张。科室开展了放疗、化疗、介入治疗、分子靶向治疗、免疫治疗等综合治疗手段，2007年治疗头颈恶性肿瘤患者1129人次，乳腺肿瘤患者1066人次，肺部肿瘤439人次，淋巴瘤201人次，其他肿瘤727人次。恶性肿瘤治疗的治愈率和有效率均达到国内先进水平。
　　胸部肿瘤科是于2007年3月，由华西医院肿瘤中心的放疗科、化疗科和生物治疗科按肿瘤部位整合重组而成。本科室在卢铀主任，侯梅副主任和李俊英护士长的领导下，着重于肺癌、食管癌等胸部肿瘤的治疗与研究。科室团队由从事肿瘤放疗、肿瘤化疗和生物治疗的专家医师，以及具有高素质的护理单元组成。月门诊量约900人，拥有开放床位140张，床位周转率100％，平均住院时间20天。
　　肿瘤科拥有教授3名，副教授5名，讲师7名。博士生导师1名，硕士生导师3名。目前有在读博士生9名，硕士生20名。科室承担了四川大学华西临床医学院肿瘤学专业的胸部肿瘤教学工作，以及华西医院网络医院的教学查房，也是毕业后临床肿瘤医生、进修生和实习生的培训基地。主要培训和传授胸部肿瘤的放疗、化疗与分子靶向治疗的技能和先进的综合治疗理念与知识。科室依托生物治疗国家重点实验室，主要致力于胸部肿瘤的基础和应用基础研究。目前承担了科技部“863”重大课题1项和国家自然科学基金2项，以及5项横向联合课题与5项临床新药试验。已在国际知名杂志上发表论文20多篇。
　　肿瘤科专家医师凭借世界先进的图像引导放射治疗设备与丰富的临床经验，结合最新的国际肿瘤治疗进展，科学合理的综合放疗、化疗和生物靶向治疗等手段，为肺癌、食道癌和其它恶性肿瘤患者实施规范的个体化综合治疗。我们的目标是努力提高与改善胸部肿瘤患者的治疗疗效和生活质量。
　　肿瘤科是国家级抗肿瘤药物新药临床试验基地，每年都会有众多国际、国内的抗肿瘤新药在此进行临床验证，所以，我们的病员有着与欧美发达国家病人同等的机会接受当前最为前沿的免费治疗。病人可望从这些新药试验得到额外的益处。此外，科室立足于国际肿瘤研究前沿，与胸外科、呼吸内科密切合作开展了多项胸部肿瘤治疗的新技术新方法，如老年肺癌低毒性化疗、非小细胞肺癌手术后精确放疗综合化疗和IV期非小细胞肺癌化疗后维持治疗等，我们已为接受这些新方法临床治疗的病人建立了绿色通道。