中山医院药剂科是一个为临床服务的重要职能部门，全科现有24名员工，其中副主任药师2名，主管药师5名，药师8名，药士5名。药剂科下设8个部门，药库、门诊药房、住院药房、中药配方部、中药制剂室、药品分析室、西药制剂室、西药调配室。

为满足临床需要，同时也是为了更好地为病人服好务，药剂科作了大量卓有成效的工作。中药制剂室生产的骨结核2号，既满足了病人的需要，同时也取得了较好的社会效益，获重庆市科技成果奖;此外，还为全院的重危病人配制肠外营养液，为配合医院新增的临床科室配制了许多新的制剂。全科现有自制配剂32个，并拥有UV一1600日本岛津紫外分光光度计、超净化工作台、离心机等大批先进的设备，保证了临床用药的质量。

多年来药剂科一直认真贯彻执行国家“药品管理法”的有关规定，并制定了相应的规章制度，加强内部管理，严把药品质量关，保证了无假、劣、霉变、过期药品。我院药品价格严格遵守国家计委药品价格的通知和重庆市物价局有关药品价格的规定，并及时地通过医院电子显示屏公布价格，随时接受群众监督。1999年我院药剂科被重庆市卫生周、重庆市药品监督管理局评为质量放心、价格放心和服务放心的“放心药房”。