结直肠肛门外科成立于2013年3月，是吉林大学第二医院普外医院、吉林大学普通外科疾病诊疗中心的重要组成成员。现有床位67张，医生9人，其中教授、主任医师3人，副教授、副主任医师5人，主治医师1人。其中博士学位7人，硕士生导师6人。护士26人，主管护师3名、护师5名；拥有硕士学历1名、本科学历20名、专科学历5名。承担科研省部级课题及横向课题共25项、经费近100万。获得国家级及校级奖励10项，其中吉林大学医疗成果奖3项，SCIEI 4篇、中华系列期刊论文16篇、核心期刊论文28篇。出版教材2部，论著5部。
　　结直肠肛门外科全面开展本领域各种诊疗技术。擅长处理与结肠、直肠、肛门有关的各种疑难病症。包括：1.结肠、直肠肿瘤（包括良性腺瘤、息肉，恶性腺癌、淋巴瘤、间质瘤、平滑肌肉瘤、类癌、恶性黑色素瘤）。2.巨大直肠癌、复发直肠癌，以及直肠癌侵犯子宫膀胱盆壁者。3.肛门肿瘤（肛门磷状上皮细胞癌、基底细胞癌、恶性黑色素瘤、一穴肛原癌）。4.阑尾肿瘤（阑尾粘液癌、腹膜假粘液瘤、阑尾类癌、腺癌）。5.家族性结肠息肉病、遗传性肠息肉综合征（Gardner）、家族性结肠腺瘤伴多发肿瘤综合征、黑斑息肉综合征（P-J）等。6.结直肠肛门癌肝转移。7.腹膜后肿瘤，盆腔软组织肿瘤，尤其是累及其它脏器或反复复发的肿瘤。8.各种急、慢性阑尾炎，阑尾脓肿。9.溃疡性结肠炎、克隆氏（Crohn’s）病。肠结核、肠伤寒、肠寄生虫病等引起的大肠并发症。10.各种原因引起的低位肠梗阻、肠粘连、肛管直肠狭窄。11.各种原因引起的结肠、直肠、肛管出血。12.结直肠肛门外伤、异物。13.各种肠瘘，尤其是伴严重腹腔感染、久治不愈的复杂肠瘘。直肠阴道瘘、直肠尿道瘘。14.各种便秘，包括排便困难、排便不尽感觉、排便疼痛、肛门部疼痛不适。15.乙状结肠脱垂、直肠脱垂、直肠阴道双脱垂、直肠内套叠（直肠内脱垂）。16.各种痔疮（内痔、外痔、混合痔、环形痔、痔脱垂、血栓性痔）。17.肛瘘及肛旁脓肿，会阴部感染。肛裂、肛门部各种溃疡。肛周坏死性筋膜炎、肛周化脓性汗腺炎、肛门尖锐湿疣、肛周搔痒。18.先天性巨结肠症。
　　科室采用了微创外科治疗理念，开展实施传统腹腔镜、单孔腹腔镜、3D腹腔镜及TEM对结直肠疾病的诊治。
　　科室正筹备建立国际水准的结直肠生理检查中心，开展结肠传输试验、动态排粪造影、肛门直肠压力系统测定、盆底肌电图、肛门直肠腔内三维超声等检查项目。在综合评估基础上，开展腹腔镜微创手术、直肠腔内微创手术（TEM）、全盆腔（及骶盆腔）脏器切除术、括约肌间切除术超低位保留肛门、生物反馈治疗等各种国际最新技术，部分技术处于国际领先。