吉林大学中日联谊医院胃肠外科成立于2005年，是省内第一家以胃肠疾病为医疗和研究中心的科室。科内有博士研究生导师1名，硕士研究生导师4名。每年培养博士、硕士研究生3~5名。科室承担部、省级科研课题20余项，在国内外权威杂志和专著上发表论文150余篇，获科研、医疗成果奖15项。承担七年制硕士班、医疗本科生、成人教育、高等护理教学任务，并负责全省胃肠外科医生的研修和培训。
　　科室自成立以来，以科研促进临床发展，多次请国内外著名专家、学者来院、来科讲学，与日本东北大学、东帮大学等外科教研室建立了友好协作关系，科内多数医生曾留学或访问过上述大学。科室内每月定期开展新理论、新技术研讨会。在国内改良了全胃切除后食管空肠吻合方式，率先开展了应用肠梗阻导管治疗复杂肠梗阻，在省内率先开展了胃、结、直肠腹腔镜手术等新技术和新疗法，其中腹腔镜下急腹症的诊断和治疗已经成为科室特色之一。胃、小肠、结直肠疾病CT三维成像新技术为胃肠疾病的诊断提供了新的方法。对消化道少见疾病，如胃淤积综合症、炎性肠道病、胃肠道间质肿瘤、结肠冗长、顽固性便秘、家族性息肉病的治疗也取得了丰硕的成果。对晚期消化道恶性肿瘤开展了肿瘤近距离放射（体内伽玛刀）治疗，显著提高了晚期消化道肿瘤病人的生存期，是我国东北地区唯一一家能开展此项技术的单位。科室床位数106个，设有监护病房一个，床位10张。每年完成各种复杂的胃肠疾病手术及危重病人的抢救千余例。
　　胃肠道恶性肿瘤性疾病一直是科内治疗和研究的重点。为使胃肠道恶性肿瘤的诊断和治疗国际化、标准化，对胃癌手术术中分期的判定、胃癌淋巴结的转移规律、消化道重建方式的选择、低位直肠癌的保肛手术、结、直肠癌根治术中的植物神经保护，以及肠、内外营养的临床应用等方面做了大量临床研究，开展了胃、结肠癌的扩大根治手术和微创外科手术，均取得满意成果。在基础研究方面，针对幽门螺旋杆菌、自由基、活性氧、粘附因子、p53、p21、ras、内皮生长因子与胃癌的关系， p53、bc12、cyclinD1基因与结肠癌的关系，炎性肠道疾病相关蛋白，以及各种肿瘤标记物均做了较深入研究，取得多项研究成果。
　　科室深入贯彻了以人为本，仁心良术的院训。在临床教学工作中，强调教师的表率作用，言行身教，培养了众多高素质的青年医务工作者。针对不同期间实习同学的特点采取一对一传、帮、带的教学模式，在老师的严格监督下给予同学更多的实践机会，培养出一批又一批优秀的临床医学毕业生，多次被院内评为最佳教学科室。护理队伍已形成老、中、青三代结合，以年轻敬业护士为主体的一流护理队伍，常年接受各种护理培训，在校、院各种护理知识和技能竞赛中获得优异成绩，在历次省、市卫生系统举办的患者调查问卷中，满意率均为100%，获得省内和校内先进护理集体等光荣称号。 爱岗敬业，奋发进取，仁心良术，无私奉献是胃肠外科全体医护人员的座右铭。