嘉兴一院心胸外科成立于二十世纪八十年代，经过几代人的努力，目前该科的技术力量在嘉兴地区名列前茅，常规开展肺叶及全肺切除;支气管袖状切除;隆突成形术;食管癌根治术;纵膈各类肿瘤切除;心包剥脱术等重大普胸手术数千例，尤其在血吸虫性肝纤维化和门脉高压分流术、食管静脉破裂再出血的处理等项目上达到国内领先水平。1991年该科率先在嘉兴开展体外循环下心脏直视手术，先后完成双瓣置换、法乐氏四联症矫治、非体外循环冠脉搭桥术等一系列高难度心脏手术，其心脏外科技术达到省内先进水平。该科1998年与北京心肺血管病研究中心北京安贞医院进行技术合作，开展低体重婴幼儿先心病的手术矫治，现已完成低体重先心病手术数百例，成为省内为数不多的能开展此类手术的医院之一，并成为本市首家且唯一能完全独立开展心内直视手术的医院。目前嘉兴一院心胸外科常规开展微创小切口的肺、食管及纵膈的各类手术，并进行胸腔镜及手辅胸腔镜的各类手术(如肺大泡切除，外伤性血胸清除、手汗症等)，以及心脏外科常见病的心内直视手术，同时配有进口人工心肺机等一系列高科技设备。目前该专科开展胸腔镜下双极射频消融治疗阵发性房颤，该项目为国际先进水平。该科现有副主任医师3名，主治医师2名。