肝胆外科包括肝胆外科一病区和肝胆外科二病区。
　　昆明医学院第二附属医院肝胆胰外科一病区是云南省重点学科，云南省首批普通外科博士、硕士授权点。科室以肝胆胰疾病、胃肠疾病、甲状腺疾病等普通外科疾病的诊断和治疗为主要研究方向，以肝移植的临床与基础研究为特色，经过几代人的努力，现已发展为云南省重点专科，一直以来在省内同行中处于领先地位，并在省内享有较高的知名度，目前各项诊断和治疗技术已达国内同类学科先进水平。
　　1995年被云南省教委授予“肝胆胰外科重点学科”；2000年、2005年分别被云南省卫生厅授予“云南省器官移植研究中心”、“云南省肝胆胰外科研究中心”；2008年被省卫生厅评定为“云南省器官移植研究所”、“云南省肝胆胰外科研究所”。2008年由云南省器官移植研究所下设肝脏移植研究室、胰腺移植研究室均由该科主要负责。
　　科室拥有一批省内外知名专家，拥有医生22人，其中教授8人，副教授5人，中级职称7人，初级职称2人，拥有护理人员24名，科室人员学历层次在云南省医学领域处于领先水平，拥有博士8人，硕5人、硕士研究生导师4人，其余人员均有本科学历。为保持在医学教育及研究方面的雄厚基础，科室鼓励全科医护人员积极进行临床科研和学习深造，持续扩展视野,提高专业技术水平，科室先后派出人员赴美国、法国、澳大利亚、意大利等国家研修学习，在这些国外学成归来的青年骨干带领下，科室不断的取得了新的突破。每年的收治病人数、手术台次成逐年递增趋势，由于医疗成绩突出，科内先后有三人走上了院级领导岗位。
　　科室于1999年率先在云南省开展MARS人工肝支持系统的治疗及CUSA超声刀临床应用，挽救了众多肝病患者的生命，得到了广大人民群众的认可和省政府的嘉奖。1999年10月科室率先在云南省开展第一例人体同种异体原位肝移植，并获得成功，目前已成功完成肝移植手术66例，其中包括云南省第一例肝移植（1999年）、第一例亲体部分肝移植（2003年）、第一例肝肾联合移植（2005年），手术最长存活者目前已达14年，手术病例数、手术成功率、术后存活率和术后患者生存质量均处于云南省领先、国内先进水平。
　　科室拥有CUSA超声刀、MARS人工肝支持系统、血液回输机、台（头）式手术显微镜、液相色谱仪、细胞培养箱、超净工作台、多功能监护仪、微量输液泵、微量血糖仪等一批先进、实用的临床医疗设备及科研设备。
　　科室的研究方向及项目，既有技术要求很高的肝移植，又有常见病和严重影响群众健康的多发病，包括肝脏、胆道、胰腺、十二指肠及腹膜后肿瘤等相关疾病的外科治疗、腹腔镜外科诊治，并负责相关疾病的基础与临床研究工作，以收治肝胆胰外科疾病为主。该科在收治普通外科病人的同时，还开展肝叶切除术；胰十二指肠切除术；256CT三维重结合Glisson鞘横断规则解剖性肝切除治疗肝占位疾病临床研究；右半肝切除＋门静主干广泛癌栓取出术；规范解剖性肝切除结合超声射频和门静癌取出术提高中晚期肝癌手术切除率；规范分站式淋巴清扫治疗进展期胃癌(D3、D2)提高中晚期胃癌手术根治率；腹腔镜结合术中超声射频治疗肝特殊位置性转移性肝癌；胰十二指肠切除＋规范区域淋巴结分站式清扫治疗胆总管下段胰头部肿瘤；胰十二指肠不同吻合术式的临床对比研究；精准肝切除术在肝癌和肝内复杂胆管结石术中的临床应用；胆管空肠肠Roux-en-Y吻合术；腹腔镜在大器官手术及重建术中的应用；腹腔镜在成人及儿童斜疝中的临床应用等技术，尤其在复杂肝内胆管结石、肝癌、胆管癌、胰腺癌、急性重症胰腺炎外科综合治疗方面有丰富的临床经验。目前各项诊断和治疗技术已达到国内同类学科先进水平。
　　目前科室承担国家自然科学基金2项，云南省科技项目5项，云南省卫生厅内设机构项目5项，教育部高等学校博士学科点专项科研基金1项，云南省教育厅项目1项，昆医附二院学科建设项目1项，联邦中青年医药师基金1项。圆满完成的多项科研课题获云南省政府和云南省科委嘉奖，其中《肝移植的实验与临床研究》获2000年“云南省科技进步三等奖”和2003年“云南省政府百佳职工经济创新成果奖”，《亲体部分肝移植的临床应用与研究》、《MARS人工肝支持系统在重型肝炎和肝脏移植中的临床应用和基础研究》及《慢性肝损伤行肝部分切除术围手术期系列研究》分别获2004年“云南省政府科技进步三等奖”；《自制KYL液对大鼠肝脏保存效果的实验研究》获2005年获云南省科学技术三等奖；《天然药物青蒿素免疫抑制作用的实验研究》获2005年云南省卫生科技成果三等奖；曾被云南省卫生厅评为“云岭先锋工程”先进集体
　　肝胆胰外科一病区始终禀承着敬业、求实、严谨、创新的学科精神，学术气氛浓郁、工作氛围和谐，是一支团结协作、技术力量雄厚的团队，医护人员具备高尚的道德情操，爱岗敬业，本着全心全意为患者服务的思想，以病人为中心，竭诚为广大患者提供高标准、多方面、全方位的配套服务及精湛的医疗水平。
　　在著名外科专家蓝瑚教授及王炳煌教授、李立春教授等前辈的不懈努力下，昆明医科大学第二附属医院肝胆胰外科奠定了良好的发展基础。1999年以来，在现任科主任张小文的带领下，肝胆胰外二科已发展成为一个实力雄厚，人员精干、结构合理，以收治肝胆胰外科各类疑难重症为主的省内临床重点专科。
　　作为云南省肝胆胰外科研究所和云南省临床重点专科的成员，多年来昆医大附二院肝胆胰外科二病区在百姓心中树立了良好的口碑，平均每年诊治患者1500余例、完成手术1200余例。目前，科室共有医生17名（回聘教授3名），护士22名。其中教授和主任医师6名，副教授3名，博士研究生导师2名，硕士研究生导师3名，医学博士7名（其中一人获法国医学博士），医学硕士6名，在读研究生2名。
　　在著名外科专家蓝瑚教授及王炳煌教授、李立春教授等前辈的不懈努力下，昆明医科大学第二附属医院肝胆胰外科奠定了良好的发展基础。1999年以来，在现任科主任张小文的带领下，肝胆胰外二科已发展成为一个实力雄厚，人员精干、结构合理，以收治肝胆胰外科各类疑难重症为主的省内临床重点专科。
　　作为云南省肝胆胰外科研究所和云南省临床重点专科的成员，多年来昆医大附二院肝胆胰外科二病区在百姓心中树立了良好的口碑，平均每年诊治患者1500余例、完成手术1200余例。目前，科室共有医生17名（回聘教授3名），护士22名。其中教授和主任医师6名，副教授3名，博士研究生导师2名，硕士研究生导师3名，医学博士7名（其中一人获法国医学博士），医学硕士6名，在读研究生2名。