南昌大学第二附属医院消化内科始建于1958年，经过50余年的发展，从当时的一个消化专业组现已成为一所集医疗、教学、科研于一体的临床一线科室，是江西省临床重点专科、江西省高等学校重点学科、“重中之重”学科，国家药物临床试验（消化专业）基地，江西省肝病学会挂靠单位，南昌大学消化专业博士、硕士学位授权点。
消化内科拥有一个高素质的爱岗敬业的医疗队伍，现有在职医护人员63人。其中医生25人，教授/主任医师12人，副教授/副主任医师5人，主治医师/主管技师7人。有博士学位6人、硕士14人。获国务院颁发的政府特殊津贴者1人，国家百千万人才工程候选 1人，省百千万人才工程人选1人，省青年科学家（井冈之星）1人，省高校中青年学科带头人2人，归国留学人员3人。
　　消化内科有床位72张，占地面积约2000余平方米，设置有普通病房、危重监护病房、内镜室等。常年开设消化专科、专病和专家门诊，接收来自省内、外各地的各种消化系疾病、急诊及疑难重症。病房整洁明亮，住院设施方便、先进。医疗仪器和设备齐全和先进,拥有国内最先进的介入诊治及内镜诊治等设备，包括大Ｃ臂数字平板X线机、电子胃镜、电子结肠镜、电子十二指肠镜、胶囊内镜、超声内镜、血滤机、腹水浓缩超滤治疗仪、便携式B超等高端医疗设备医疗。
　　医护人员技术精湛，科内学术氛围浓厚，通过有规律组织科室病案讨论及多学科病案讨论，大大提高了临床疾病特别是疑难重症疾病的诊断和治疗水平。特别是借助“医院等级评审”之东风，逐渐使科室的诊治水平程序化、规范化，达到“三级甲等”医院的评审要求。
　　科室具有良好的诊断水平，特别是对消化系统的疑难杂症如原发性肝癌、慢性肝炎、肝硬化、急性胰腺炎、慢性胰腺炎、炎症性肠病、消化系统恶性肿瘤以及不明原因的肝损害、腹水、腹胀、腹痛、腹泻、便秘、便血、恶心、呕吐、胸痛等具有很高的诊断水平。率先在省内引进FQ-PCR基因检测技术，大大提高了肝炎的诊断及治疗水平。开展了胃肠道肿瘤的微转移检测，在胃肠道恶性肿瘤的分期及治疗上具有重要的指导意义；
　　科室在消化系统疾病的治疗上居全省领先水平，部分治疗技术在国内先进水平。在原发性肝癌的综合治疗、肝硬化的综合治疗、胆道结石、急性胰腺炎、慢性胰腺炎、炎症性肠病、消化道出血、胃息肉、大肠息肉等疾病的治疗中积累了丰富的经验，并已形成了以介入微创诊治及内镜微创诊治为手段的治疗模式，使科室从以诊断为主向以治疗为主的模式转变，科室的微创诊治水平达到国内先进水平，在解决患者的病痛的同时减少了患者的创伤，大大减少了患者的医疗费用。
　　消化内科承担了医学院本科生、消化专业硕士及博士研究生及进修生的临床教学工作，“双语教学”和“多媒体课件”教学深受学生好评，有两人被评为江西医学院中青年骨干教师。作为江西省肝病学会挂靠单位已成功举办七届江西省肝病学术年会，在推动我省肝病临床诊治及研究中发挥了重要的作用。
　　1992年成立消化功能室，率先在省内开展胃肠动力学研究，获省教委优秀科技成果奖及卫生厅新技术引进创新奖；1993年消化内科与呼吸科共同组建分子医学中心，现已发展成为江西省分子医学重点实验室。获国家自然科学基金课题7项，省厅级课题30多项，在肿瘤基因治疗的基础研究方面成绩突出，尤其是肝癌的基因治疗研究在国内处于先进行列。已成功克隆p53、P21、P16等基因表达载体,克隆了新基因人p73，开展了p53、P16、VEGF反义基因及EGF受体反义基因治疗肝癌等研究，获得多项国内领先的科研成果，并正在申请多项国家专利。发表论文200余篇，其中SCI论文20余篇，国内核心刊物论文40多篇，出版专著2部。
　　经过多年发展，消化内科逐步形成自身的优势，尤其在肝癌的综合治疗、肝硬化的介入治疗、胆道疾病的微创治疗、消化道出血、内镜下胃肠病诊治以及肿瘤基因治疗研究领域，处于省内领先水平。全科人员精诚团结，不断提高临床业务水平，以精湛的医术为广大病友服务。大力弘扬科学研究，加强人才培养及梯队建设，促进医疗、教学及科研的良性发展，为江西省的医疗卫生及医学教育事业做出更大的贡献。