南京脑科医院2006年2月引进加拿大VSM医疗技术公司生产的最新型275信道全头型脑磁图影像系统，是华东地区唯一一台脑磁图，其使用一阶径向型磁场梯度计和合成三阶磁场梯度计软硬件相结合，在消除环境噪声和发现深部病灶方面优于国际同类产品。目前开展的脑磁图项目包括癫痫病灶的定位，脑功能区定位（视觉、听觉、运动、体感、语言认知等）。癫痫病灶的定位作为评估和指导癫痫手术的重要手段；神经外科手术前功能不可恢复区的定位和躯体运动区的定位，如脑肿瘤术前的功能区定位，结合γ刀技术、功能导航系统，使神经外科手术趋于完美。另外，他们正积极把MEG应用于精神病的诊断和疗效的评价，脑血管病诊断和动态研究等领域。
　　脑磁图精确定位后手术治疗癫痫能使癫痫病人的总体治疗费用大幅度下降。如果一个病人采用药物治疗，服用一种至两种抗癫痫药，以卡马西平、妥泰为例，一年仅仅花在药物上的费用就在6000-7000元，加上复查磁共振，脑电图，视频脑电及其它因为癫痫而做的检查的费用，一年的花费共约8000-9000元。这还不包括由于癫痫病发作带来的意外伤害，如骨折，头部外伤等造成的医疗费用。癫痫病药物治疗需要长期坚持，给病人及家属带来了沉重的经济压力和精神压力。如果使用脑磁图定位后手术治疗，需要的定位及手术费用共约在3万-3.5万，使癫痫病人的总体费用明显下降，同时带来很好的疗效。
　　南京脑科医院也已经成功进行MEG检查500余例，手术150余例，伽吗刀70余例，取得了较好的效果。因此，脑磁图癫痫及功能区定位这项技术的优势已经经过了国内外实践证明，切实解决了癫痫病人和脑功能区手术病人的看病难点，药物治疗贵的问题，使许多内科治疗的癫痫患者及脑功能区病变的患者看到了新的希望。