南通市第二人民医院骨科是医院重点专科，技术力量雄厚，现有主任医师 1人，副主任及主治医师4人，设有病床32张。科室配有后路椎间盘手术系统、颈腰椎切吸仪、腰椎牵引床、颈腰椎病治疗仪等多种仪器设备，为顺利开展骨科的各项工作提供了必备的硬件条件。
南通市第二人民医院自1993年被确定为市级重点专科，至今已有十余年，在做好各项复合性损伤救治的同时，在“大综合”基础上实行专业细化，二院骨科在市内较早和率先开展，外固定支架治疗经关节骨折，脊椎椎间盘镜下系列微创手术，颈腰椎椎管狭窄椎间盘手术，髋、膝关节置换手术，显微外科手术在断肢、断指再植等方面的应用，近年又开展以镜下手术为主的微创手术及骨质疏松症与腰椎管狭窄症，膝关节退变，相关因果研究。