曲靖市中医医院于1991年正式开展肛肠疾病诊疗工作，于1998年4月成立肛肠专科。2001年被评为“曲靖市肛肠病临床研究治疗中心”，2005年8月批准建设云南省重点中医专科，2006年9月顺利通过“云南省重点中医专科”验收，2006年11月被评为“云南省中医名科”，成为云南省地州市唯一的中医名科。2009年确定为国家中医药管理局“十一・五”重点专科协作组单位，参与重点病种“结直肠癌”“便秘”诊疗方案的制定和审核。2011年被中华中医药学会评为“全国中医肛肠学科先进名医工作室”，2012年批准为国家中医药管理局“十二・五”重点建设专科。2015年在云南省率先成立盆底疾病诊疗中心，被欧洲生物反馈协会授予“生物反馈技术（云南）培训中心”。2016年被云南省卫生厅认定为“云南省中医肛肠病学继续医学教育基地”。2017年被中山大学授予“云南省弹力线RPH微创新技术临床培训基地”，中国中医药研究促进会肛肠分会授予“直肠癌流行病普查培训基地”，中华中医药学会肛肠分会授予“消痔灵技术推广应用云南省培训中心” “中国中医固脱疗法示范基地”。肛肠科是中华中医药学会肛肠分会副会长所在单位，是云南省中西医结合学会大肠肛门病专业委员会主任委员所在单位，是云南省肛肠盆底疾病专科联盟牵头单位。
　　现在肛肠科有医护29人，其中主任医师、教授2人，副主任医师、副教授3人，主任护师1人，副主任护师1人，中职6人。作为我省肛肠科一个重要的医、教、研基地，曲靖市中医医院肛肠科拥有很强的技术实力和独具特色的中西医结合诊疗体系，先后派出40余人次到北京、上海、广州、南京、天津、成都、重庆等地进修学习，博采众长，率先垂范，使科室拥有完整的人才梯队、较强的综合素质、团结协作的医疗技术团队，在肛肠盆底疾病诊治方面处于云南省领先地位，代表着云南省肛肠盆底专业的较高水平。
　　专科采用中西医结合的方法治疗痔疮、肛裂、肛瘘、肛周脓肿、肛周湿疹、直肠脱垂（脱肛）、直肠前突、直肠阴道瘘结直肠癌、结直肠息肉、出口梗阻性便秘、溃疡性结肠炎、慢性结肠炎、藏毛窦、肛门外伤、尖锐湿疣等病证3万余例，年手术1500余例。盆底中心将传统中医辨证与现代生物反馈等技术结合治疗顽固性便秘、尿失禁、产后康复、小儿遗尿等效果显著。“外切内注法治疗混合痔”“同期手术治疗痔-前列腺增生”“七叶硝矾洗剂在肛肠术后的应用” “中医药综合治疗在结直肠癌术后的应用”“柱状APR结合针灸治疗低位直肠癌”等九项科研成果获曲靖市科技进步奖。先后引进“消痔灵四步注射法”治疗混合痔、“直肠系膜全切除治疗直肠癌”“吻合器用于直肠癌根治低位保肛手术”及“严重脱垂性内痔的吻合器治疗”“PICC技术”等技术项目，疗效显著。发表学术论文70余篇，主编、参编《肛肠疾病注射疗法》《经方用药真谛》《实用肛肠病治疗学》《中医外治经验选》《中医临床治疗指南释义•肛肠疾病分册》等学术专著。并且多次成功举办国家级、省市级专业技术培训班，对云南省肛肠盆底专业的发展起着重要的推动作用。多年来肛肠科在学术带头人王吉候教授、郭红平主任的带领下对业务精益求精，所积累的肛肠疾病诊断、治疗已处于省内先进曲靖地区领先水平。率先开展以下特色项目：
　　1、切开挂线开窗引流治疗复杂性肛瘘，损伤小、恢复快、并发症少。
　　2、注射法治疗肛肠疾病，疗效显著、痛苦少、合并症少。有效解除因内括约肌痉挛引起的疼痛、水肿及肛门狭窄。
　　3、吻合器痔上粘膜环切术（PPH技术）、选择性痔上黏膜切除术（TST）治疗重度脱垂性内痔，具有疼痛小、疗效好、恢复快、术后并发症少的特点。
　　4、中西医结合治疗直肠前突与内脱垂性便秘。
　　5、采用直肠系膜全切（TME技术）吻合器低位保肛治疗中下段直肠癌，使直肠癌肿块位置低于5cm的病人也有了保肛的机会，使他们能够和正常人一样从肛门排便，大大提高了患者的生存质量。
　　6、采用柱状APR术治疗低位直肠癌，能够切除更多的肿瘤周围组织，具有更好的肿瘤根治性，减少局部复发率，提高生存率。
　　7、采用肠道支架置入术解除癌性肠梗阻，为危重患者赢得生命。为手术患者赢得良好时机。
　　8、经外周静脉置入中心静脉导管（PICC技术）用于肿瘤化疗及肠外营养，有效保护患者静脉，使肠外营养、肠癌术后全程化疗得到顺利实施。