深圳市儿童医院普外病区由两个科室组成，普外一病区（新生儿、胃肠），普外二病区（肝胆、肿瘤）组成。
　　深圳市儿童医院普外一科（原外二科，已改名称）介绍：胃肠外科和新生儿外科做为深圳市小儿普外科领先学科，是深圳市重点专科-小儿外科的重要组成部分，病人来源覆盖深圳及周边省市，现有医生12人，护士32人，其中主任医师3人，副主任医师2人，主治医师4人，副主任护师1人，在读博士2名。高清腹腔镜、超声刀、电子肠镜等先进的世界一流设备为专业发展奠定了良好基础。核定床位约65张。2017年住院人数约 人次，其中新生儿外科病人占 %，较2015年增加 %。
　　小儿胃肠外科：食管裂孔疝、胃食管反流、先天性巨结肠、复杂肛门直肠畸形，如高位肛门闭锁，一穴肛等治疗达国内先进水平。胸腔镜食道闭锁根治术，腹腔镜膈疝，腹腔镜治疗食道裂孔疝及胃食管反流，十二指肠梗阻，先天性巨结肠，高位肛门闭锁等达国内先进水平。针对学龄儿童在常规腹腔镜操作基础上拓展单孔（单部位）和人体自然孔道腹腔镜操作。
　　新生儿外科：拥有影像学检查、新生儿麻醉、新生儿重症监护、胃肠外营养、护理等一整套高水平的经验丰富的专业队伍。主要收治6个月以下消化道畸形患儿，如：先天性食道闭锁、先天性胃壁缺损、先天性膈疝、幽门肥厚、十二指肠（空肠）闭锁，肠旋转不良，肛门闭锁等。多发先天畸形的极低体重儿，手术最低体重800克。新生儿外科：涵盖围产期咨询、产时外科、低龄、低体重，目前已经形成从手术操作、麻醉管理、重症监护、营养支持等方面系统性规范性的治疗体系，为进一步提高多发畸形及极低体重儿外科救治成功奠定良好基础。尽快使深圳市新生儿外科诊疗水平与国际接轨。