消化专业设有专科病房及专家门诊，拥有一批具有博士、硕士、本科学历的高、中级专业人员，长期从事临床、教学、科研工作，有着丰富的医疗实践经验，在小儿急、慢性腹泻，婴儿肝炎综合征、再发性腹痛，坏死性肠炎、营养不良，再发性呕吐，厌食，消化道出血，胰腺炎、感染性肝胆道疾病、便秘、肠道寄生虫病等疾病的诊治有较深的研究。自开展小儿电子胃镜检查以来，已有千余名患儿接受检查，对食道、胃、十二指肠疾病（各种炎症、溃疡、静脉曲张、息肉、结石），各种原因的上消化道出血，胃内异物等疾病的诊断提供了有力的依据；同时还开展了食道静脉曲张合并出血、胃和十二指肠溃疡出血的内镜治疗，另外对上消化道息肉、异物使用胃镜摘除或钳取，免除了病儿外科手术的痛苦。