1981年前为药局建制(含制剂室)，隶属院领导，1986年监管器材和仪器维修等工作，统称药械科，1987年更名为药材科，1994年仪器设备从药材科划出。现有各类人员135名(制剂室58名)，其中高级职务8名。

历任主任：刘义成、邱所由、王学彦、郑萍、朱才娟、邵元福、刘皋林、陈万生;副主任：王安文、时继斌、张纯、陶霞、林厚文。历任高级职务的还有主任药师、教授郭澄;副主任药师孙海英、邓瑜林、沈阳、钱方。

1995年前历任政治协理员：许振忠、冯俊英。

由药学部具体负责日常工作的长征医院国家药品临床研究基地，涵盖Ⅰ期实验室及心血管、呼吸、消化、内分泌、神经、肾病、泌尿、皮肤、肿瘤、肝病、耳鼻喉和眼科12个临床专业。1998年批准为硕士学位授权学科，2001年成立了临床药学教研室，培养博士生2名，硕士生7名。

近5年来，在国内外学术刊物上发表科研论文200余篇，主编和参编学术专著10余部，目前承担着国家自然科学基金面上项目、国家“863”青年基金课题、上海市科委重大课题、上海市科技启明星课题、上海—SK研究与发展基金课题、上海市科学技术发展基金课题、中科院上海有机化学研究所开放课题和医院科研联合攻关课题等20余项，科研经费1000余万元。