皖医弋矶山医院呼吸科成立于1958年，是国内成立最早的呼吸科之一。目前发展成以呼吸系统常见病、危重病为基础，以呼吸支持技术、微创技术为重点的综合性现代化学科。现共设床位45张。有医师十一人，其中主任医师二人、副主任医师五人，住院医师四人；硕士生导师四人，副教授四人，博士一人，硕士三人。2006年成为皖南医学院内科学硕士点之一，目前在读培养的研究生14人。
　　技术特色
　　呼吸内科科室特色：周一至周日常年开诊专家及普通门诊，电子-纤维支气管镜室，可常规开展镜下肺活检、肺泡灌洗、针吸活检、胸膜-肺活检，即将开展支气管镜下氩气刀、冷冻治疗等呼吸内径技术，呼吸支持技术、血气分析室、肺功能检查室、与耳鼻喉科共同开展睡眠呼吸监测，是医院药物临床试验基地，参与新药上市前Ⅱ、Ⅲ期临床试验。