北京军区总医院眼科创建于1949年，拥有国内一流的专业技术队伍和先进的诊疗仪器设备，眼科准分子激光治疗中心是军区重点建设科室之一。眼科在北京市和全军都享有很好的声誉。近年来，眼科共获得多项国家和军队的临床和科技进步奖以及多项国家自然科学基金和军队科研基金，是解放军总医院的眼科硕士研究生培养基地。眼科拥有医护人员20余名，其中，主任医师、教授2人，副主任医师、副教授3人，高级验光师1人，博士后、硕士8人。

1972年以来，眼科在临床创新和基础科研上也取得很好的成果，一直担任全军眼科专业组委员，北京军区眼科专业组组长和中华眼科学会北京市分会委员等职务。准分子激光治疗中心由眼科主任、博士后、研究生导师李耀宇教授亲自带头并亲自实施手术操作，由具备二十多年丰富验光经验的验光师亲自把关验光，由眼科护士长全程陪同检查。在以国际一流设备做保证的前提下，这一批技术过硬的专业人员确保了手术的完美成功。开展的视网膜和视神经缺血性疾病的发病机理、视神经损伤的临床和基础等研究项目在国内具有领先的地位，同时还致力于小儿斜视和弱视、眼底疾病综合诊疗的临床研究。每周一至五上午由副主任医师以上人员出专家门诊。