肛肠科为云南省中医医院的传统特色科室及云南省卫生厅重点中医专科。设置住院病床30张，本科有　副主任医师1人，主治医师人，主管护师3人。

　　科内主要医疗设备有：美国海泰克大肠水疗机，美国电子痔疮治疗机，肛肠病综合治疗仪，肛肠腔内治疗仪，微波、激光治疗仪器等，有多种能体现中医特色的制剂。是开展整体化护理的住院病区，为病人提供全程优质服务。对痔、肛痿、肛门直肠周围脓肿、肛裂、直肠脱垂、肛门皮肤病、便秘、结肠易激综合症、溃疡性结肠炎，肠息肉、息肉病、上消化道出血等疾病开展中医、中西医结合治疗和无痛手术，痛苦小，疗程短，疗效确切。开展结肠灌洗配合中药保留灌肠、中药内服治疗、便秘和结肠炎，对出口梗阻型便秘采用手术治疗，均获良效。肛肠科有着50余年的悠久历史，始终坚持优质医疗、优质服务，深受广大患者信任和好评。