肛肠科建于1986年，拥有床位42张，现有医护人员17人，其中女性12人，2007年业务收入332万元，床位使用率达100%。1998年科室被评为连云港市重点专科，2007年被评为省重点专科建设单位。

中医院肛肠科是连云港市唯一一家省级痔瘘病重点专科。近几年来，先后与省中医院、南京市中医院等知名医院技术挂钩，采用中西医结合方法互补的治疗优势，开展的肛肠病手术方式在全市领先，与国内同步，治愈率在98%以上。科室自行研制的复方长效麻醉剂和消炎止痛液蒸浴法，环状混合痔行PPH术等都受到了广大患者的欢迎，来院就诊的病人日渐增多，范围不断扩大，有山东、四川、浙江、上海、东北等地病人慕名而来。近五年来全科医护人员在省以上杂志发表论文二十余篇，一项科研获得市科技进步奖，一项科研再研。科室2007年获得院“病区管理标兵”，科室张正荣主任被评为市“五一劳动奖章”获得者，获得“名中医”称号。科室其他人员也多次被评为“院先进个人”、“十佳护士”等称号。市卫生局的问卷满意率均在95%以上。