病理科始建于“西门妇孺医院”(1884年创建)时代，在1930年代便已经有完整的建制和完善的工作流程，至今仍保留有上世纪30年代的标本。

1949年至1960年主要由海外归国人员担任主要诊断任务。其后，在杜心谷教授主持和领导下，病理科有了长足的发展。至1980年代，已经成为国内最具规模的妇产科专科病理学科，对中国的妇产科专科病理的发展和形成起到了重要的推动和引导作用。目前，复旦大学附属妇产科医院病理科继承和发展优良传统，注重对人员的培养、制度的建立和执行以及严格的工作流程，保证了学科发展始终处于前列。特别注重诊断质量，长期以来，在病人和同行中获得了良好的声誉。病理科现有工作人员28名，其中主任医生1名，副主任医生5名，主治医师2名，住院医生7名。每年完成外检43000余例，细胞学诊断14万余例，胎盘和围产儿尸检50余例，院外会诊近3500余例，以及大量的术中冰冻诊断。保证了医疗质量，为我国妇产科病理学的发展做出了应有的贡献。