国家重点学科，由著名眼科教育家、一级教授郭秉宽教授创始于1952年，是我国最重要的三大眼科医疗、科研与教学基地之一，是教育部首批的硕士、博士研究生培养点和博士后流动站。从这里走出了十余位全国眼科学术带头人，如嵇训传、陈淑初、王文吉、胡诞宁、褚仁远等教授。病人来自全国各地及海内外，年门诊量超过50万人次，年手术量超过2万人次。现任眼科主任徐格致教授，副主任卢奕教授与钱江教授。眼科同时是卫生部近视眼重点实验室和上海市眼科临床质量控制中心的依托单位。下设玻璃体视网膜疾病、视光学与斜弱视、青光眼与视神经疾病、白内障与晶状体疾病、眼表疾病和眼肿瘤眼眶病六个三级学科。2006年又被批准为国家专科医师培训基地。自“十五”以来已经获得33项国家和省部级基金资助，在国内外发表论文400余篇，出版专著(教材)12部，授权发明专利8项，国际发明专利2项，并获得国家级奖2项，省部级奖10项。每年主办上海国际眼科学和眼视光学等国际学术会议及国家级眼科学继续教育学习班。对我国眼科的发展起了重要作用，并成为我国与国际眼科界交流的主要桥梁之一。