该科始建于解放前，经过前后60余年几代人不懈的努力发展成如今上海市内外具有一定影响，一系列诊治项目市内外领先，耳外科、耳神经外科、侧颅底外科、鼾症外科治疗特色明显，鼻内镜外科、鼻颅底外科迅猛起步，头颈肿瘤诊治技术齐全，医疗、教学、科研齐头并进的院级重点学科。陈玉琰、李伊士教授为本学科的创始人。陈玉琰教授系国内外知名的临床听力学家；葛贤锡教授系国内外知名的耳科学家；沈平江教授系享受国务院特殊津贴的著名耳鼻咽喉科专家。现任学科带头人殷善开教授在国内、市内耳鼻咽喉专业领域已有较高的学术地位。该科现设耳科、鼾症诊治中心、鼻科和咽喉科4个亚学科，拥有副高以上专家10人，其中主任医师、教授2人，副主任医师8人，担任市级以上学术团体职务人数4人。耳鼻咽喉科现有博士学位5人，在读博士2人，硕士学位2人，在读硕士3人。

耳鼻咽喉头颈外科下设上海交通大学（医学院）耳鼻咽喉科研究所，上海市听力测试中心，上海市第六人民医院鼾症诊治中心，上海交通大学耳鼻咽喉科博士后流动站，上海交通大学博士、硕士学位研究生培养点。承担国家级继续教育项目2项，分别为“颞骨解剖耳显微手术基础”及“阻塞性睡眠呼吸暂停综合征（鼾症）诊治”，其中“颞骨解剖耳显微手术基础”项目已连续举办19期，受教育学员600余人。能够独立开展耳鼻咽喉头颈外科领域的各项诊治项目。