自1881年建院以来，福建医科大学附属第二医院就以外科技术的精湛而著名，在专业日趋势成熟的条件下，依次形成了普通外科及肝胆胰外科；1987年与上海东方肝胆外科医院联营，在中科院院士吴孟超教授的指导下，开展了一系列肝胆疾病的外科治疗，在此基础上，全科医护人员共同努力，多项外科技术已达到省内先进水平，其肝癌的手术切除例数已近千例；目前开展的微创外科治疗中，如腹腔镜技术（胆囊切除、阑尾切除、肝囊肿开窗、甲状腺瘤切除及结肠部分切除等），影像引导下的介入治疗（腹腔肿瘤、肝肿瘤的集束电极射频、高频电、激光、无水酒精等间质疗法）在闽南地区处于领先地位。

近年来有5项科研成果荣获省医药卫生及泉州市科技进步奖（肝门区肝癌的切除，原发性肝癌的综合治疗，肝癌门静脉血及外周血免疫功能的变化，无水酒精在小儿肝、胰囊肿的治疗应用，细针穿刺吸取癌细胞的端粒酶检测对肝占位病变的临床诊断意义）。目前仍执行着4项厅级资助科研课题。

肝胆胰外科的全体医务人员，坚持以“病人为中心”的服务宗旨，继承和发扬优良传统，进一步提高医疗质量，竭诚为广大患者提供优质的医疗服务。