针灸科创立于1990年建院之初，针灸科是福建中医学院附属第二人民医院的大康复学科的主要科室，集医疗、教学、科研三位于一体，门诊有4个诊室，20个针灸床位，现有病房床位15张，现有主任医师2名，副主任医师1名，主治医师3名。每日门诊量达120左右人次，经治病症上百种。在内、外、妇、儿、骨伤、五官、皮肤等科的常见病及多种疑难病证的治疗上，采用传统针灸、中药等治疗手段，收到良好的治疗效果。针灸科承担了福建中医学院针推系的针灸治疗学及针推康复系研究生班授课任务，是福建中医学院的临床实习基地之一，每年接待大量的中、外针灸实习生。针灸科已有多名专家出国援外、讲学和工作，能用英语接待外宾患者。近年来，针灸科努力提高医生的医疗技术，开展多项针灸疗法，疗效不断提高，门诊量正在逐年增多。针灸科每年接受住院病人200多人次，病房制定三个病种诊疗常规（中风后遗症、 颈椎病、腰椎间盘突出），健全了三级查房制度及规范化的针灸、康复流程。每周规定在科主任带领下由副主任医师、主治医师、住院医师及护士长及相关的护理人员对科室所有的病人查房一次，重点解决诊断、治疗及护理等方面的问题；主任医师每周查房一次，重点检查疑难病例，提出诊断、治疗的明确意见，必要时对特殊检查、并发症预后也提出意见。副主任医师每周查房一次，负责下级医生在诊断与治疗方面的指导。康复医师三天内对患者进行全面的检查评估，患者入院1~2个月进行中期评估，出院前进行末期评估，每次评估后拟定康复治疗方案，定出近期、远期目标。

    针灸科为了进一步强化内涵建设，突出中医针灸特色和优势，加快中医针灸现代化进程，开始启动以普及、提高、继承、创新为目标的中医人才培养5年计划。在医学科学技术飞快发展，医疗市场竞争日趋激烈，群众对医疗服务需求日益增长的大背景下，保持中医针灸特色，发挥中医针灸优势，提高中医针灸学术水平和临床疗效，既是中医针灸自身发展的内在要求，也是中医院开拓医疗服务领域，增强生存与发展能力的基础。但这需要一支高素质专业人才队伍作支撑。因此，加大人才培养力度，认真练好内功，努力提高全科医务人员的综合素质就显得尤为重要。为什么要把“普及、提高、继承、创新”作为针灸科中医药人才培养5年计划目标，所谓普及就是在加强中医药人员继续教育的同时，要在所有医务人员中全面开展中医药基础理论和基本知识的教育培训。通过普及教育，更好地了解中医药、针灸发展的历史、经典著作、名医名家等，充分认识中医药为中华民族繁衍所作出的贡献和发展前景，从而在全科营造热爱中医、学习中医、推进中医发展的良好氛围，进一步坚定我科走中医药、针灸特色之路的信心。为此针灸科作如下规定：1、所有出去进修学习的医务人员都必须回来后要在全科介绍新经验、新技术。介绍完后才能报销经费。2、要求全科医务人员参加“四大经典”学习。3、鼓励全科医务人员攻读在职硕士、博士。4、人才结构上要注意培养复合型人才，即要使中医出身的学者具有多学习源，或使多学习源的人才落脚到中医药行业来。或者采取进修和引进的方式，使中医药人才避免单一的中医药院校繁殖，能加强对相关学科、交叉学科、渗透学科的了解和把握，以保证学术研究的广阔性和深刻性。5、全科医务人员每年要写一篇学习心得或学术论文。6、新分配医务人员要参加医院规范化住院医师培训。并加强中医针灸理论的学习、尤其针法、灸法的学习。7、为提高全科医务人员科研水平，每年将派1-2个人员参加全国科研学习班。8、加强全科医务人员医德、医风教育。

    针灸科擅长治疗中风、面瘫、面肌痉挛、关节痛、头痛、三叉神经痛、眩晕、失眠、胃病、呃逆、呕吐、颈椎病、落枕、肩周炎、网球肘、腰椎病、坐骨神经痛、椎间盘膨出、哮喘、咳嗽、便秘、遗尿、尿失禁、阳痿、早泄、月经不调、痛经、更年期综合征、不孕、胎位不正、产后乳少、带状泡疹、慢性湿疹、慢性寻麻疹、神经性皮炎、各种周围性神经炎、耳鸣、耳聋、鼻炎、小儿假性近视、小儿脑瘫、斜视、弱视、冠心病、癔病、抑郁症等病。

    针灸科常用的方法有：毫针、芒针、艾灸、拔罐、三棱针刺血、穴位注射、穴位敷帖、穴位照射、火针、电针、耳针、耳穴压豆、头皮针、梅花针、中药等。

    针灸科的特色疗法有：长蛇灸治疗强直性脊柱炎。隔姜灸治疗支气管哮喘病。齐针透速法防治中风后遗症肩关节半脱位。腕踝针治疗急性疼痛。