该院小儿外科集医疗、教学、科研一体，是福建省小儿外科硕士研究生培养点，在编医护人员23人，其中高级职称5人，中级职称 11人，硕士研究生5人。学科带头人李笃妙教授享受国务院政府特殊津贴，担任福建省小儿外科学会副主任委员，曾作为联合国特聘外科专家在国外工作，并多次受邀至德国、美国工作。目前，该院小儿外科已成为福建省的一支骨干队伍，患儿广泛来自国内外，包括来自美国、澳大利亚、东南亚各国。年手术l000余例，大手术占三分之一以上。先后承担福建省科技厅、教委、卫生厅科研课题，获福建省科技进步二等奖，福建省医药卫生进步三等奖，中华护理学会科技进步一等奖，福建省护理科技进步三等奖。
　　目前，该院小儿外科在小儿胸腹部和泌尿系统先天畸形、小儿恶性肿瘤的综合治疗、腹腔镜手术方面处于省内先进水平。成功治疗的典型的病例有：联体婴儿、尿道下裂、肾积水、漏斗胸、胆总管囊肿、巨结肠、肛门直肠畸形、肺囊肿、肺大泡、胸腹部各种恶性肿瘤、脐膨出等。