该科是在原小儿传染病科基础上发展而来，已近50年历史。现拥有一支医、教、研实力雄厚的的队伍。其中有全国知名专家3名、教授及副教授7名、博士2名。先后有数名医生在原苏联、美国及国内医疗先进地区如北京、上海、浙江等进修学习。本科目前设有临床病原微生物研究室、临床检验室、胃镜及胃肠动力检测室、小儿消化系统疾病诊治及咨询中心和儿童结核病诊治咨询中心。现有住院病床44张，年收治病人3000例左右。

承担各层次教学(包括五年制、七年制、研究生、专科生、专科进修生等)每年500余学时。积极参加教学改革，并获重庆医科大学教学科研成果二等奖已项。每年发表教学论文1-2篇。参加全国教材编写2部。现有硕士生导师3名，每年招收研究生1~3名。研究方向为肝病、感染性疾病和消化道疾病。已承办全国及市级小儿感染消化继续教育学习班5届。对来自全国15个省市150名各级医师进行培训，得到普遍好评。