儿外科为全国规模最大、分科最细、学术水平位于国内前列的小儿外科临床、教学及科研中心。1965年由我国小儿外科创始人陈文龙教授、王赞尧教授创立。经过半个多世纪三代医务工作者努力奋斗，院胃肠外科和新生儿外科在医疗教学、科研方面已建成国内领先的专科。现有教授（主任医师）1名，副教授（副主任医师）5名，其中博士研究生导师1名，硕士研究生导师2名，讲师（主治医师）3名；其中医学博士5名，硕士4名。
　　在国内小儿胃肠及新生儿外科学术水平领先的项目：
1、小儿急腹症早期诊断治疗。
2、小儿短肠综合征诊断治疗及病理研究。
3、先天性巨结肠首创根治手术方式，即经肛门直肠乙状结肠切除斜形吻合术。
4、新生儿期（0~3月）先天性巨结肠诊断标准、手术治疗、病理及发病机制研究，参加卫生部专家组制定先天性巨结肠临床路径。
5、Pena手术治疗先天性肛门闭锁，近10年高位肛门闭锁均无大便失禁病例发生。
6、一次性直肠、阴道、尿道成形术治疗一穴肛，突破二次成形严重并发症，获得良好临床效果。
7、婴幼儿肠套叠病因研究及美克尔憩室诊断新方法的实验研究。
8、小儿血管瘤20年治疗5万例，数量多，疗效好，影响广，相关基础研究具有原始创新性，已成为我国小儿血管瘤、淋巴管瘤诊治研究中心。
9、微创外科：开展小儿腹腔镜技术进行了胆道探查、胆囊切除、幽门环肌切开、美克尔憩室切除、阑尾切除、疝囊高位结扎及巨结肠根治术等数百例手术，效果优良，深受病人欢迎。
10、电子纤维结肠镜：10多年诊治1000多例，减轻病人痛苦，减轻经济负担，疗效满意。结肠息肉、结肠腺瘤、结肠肿瘤、BMP、Tall3, Tall4,COX2对比研究，发现早期癌变分子指标。
11、小儿肿瘤研究：
①发现白血病维甲酸相关耐药基因HA117（已登陆世界基因库），并证明耐药功能及多种肿瘤HA117耐药特点。
②创新一种新的肿瘤治疗方法：耐药基因转染骨髓造血干细胞，保护骨髓，大剂量化疗杀灭肿瘤干细胞实验研究。
③动态监测外周血耐药基因，为敏感化疗药物的选择提供实验依据。
④阐明化疗药物血脑屏障作用机制。
⑤证明低频海扶（HiFu）幅照可降低肿瘤细胞耐药性，提高化疗疗效。
　　肝胆外科是目前国内儿童医院中全国规模最大，最专业、临床诊治及学术水平最高的儿童肝胆专科。现设有肝胆专科病房、知名专家及专科门诊，病房开放床位35张，加护床位3张，常年住院床位50余张。由全国知名小儿肝胆外科专家张明满教授带队的技术团队，由经验丰富的留学回国人员、医学博士和技术精良的医生和护士组成。现有医生10名，护士17名。其中教授（主任医师）1名，副教授（副主任医师）3名，主治医师2名，住院医师5名。博士学位4人，硕士学位3人，学士学位3人。硕士生导师3名。
　　诊疗范围：
　　重庆医科大学附属儿童医院肝胆外科专门收治各年龄段儿童肝脏、胆道、胰腺、脾脏和门静脉高压等疑难杂症包括：
　　⒈肝脏疾病：各种原因引起的肝脏肿块、肝纤维化和肝功能不全，包括：肝肿瘤、肝脓肿、肝硬化、肝脏外伤、肝糖原蓄积症、肝窦状核变性（Wilson’S病），以及各种原因所致的婴幼儿肝炎等。
　　2、黄疸及胆道疾病：儿童各年龄段各种类型黄疸，胆道发育不良、胆道闭锁、胆道狭窄、胆汁淤积、婴儿期肝炎、母乳性黄疸、胆总管囊肿、胆结石、代谢性疾病、、硬化性胆管炎和肝胆肿瘤等。
　　3.胰腺疾病：各种原因所致的胰腺炎症、胰腺囊肿、胰腺外伤和胰管结石等。
　　4.脾脏疾病：脾脏肿大、脾机能亢进、脾脏肿瘤和外伤性脾破裂，包括：血小板减少性紫癜、地中海贫血和镰刀状红细胞性贫血门静脉高压症等。
　　5.门静脉高压症：各种原因引起的消化道出血包括：肝硬化、门静脉海绵样变性、肝内外血管畸形和肝脏寄生虫等。
　　6.微创外科：用腹腔镜微创技术进行胆囊切除、美克尔憩室切除、阑尾切除、小儿腹股沟疝囊高位结扎等。
　　7.儿童肝移植：儿童各种类型的终末期肝胆病，用常规治疗方法无法治愈，通过肝移植能使终末期肝胆疾病儿童恢复健康。