重庆医科大学附属儿童医院感染科建立于1956年，是重庆市儿童法定传染性疾病的定点收治科室，现为西南地区最大的儿童感染病诊治中心，是全国为数不多的、集医教研为一体儿童感染病专业特色的学科。为全国儿童医院感染科中规模最大、收治病人数量最多、诊治病种最全的专科之一。曾是卫生部指定的全国儿童传染病临床培训基地。现拥有专科医生18名，其中主任医师/教授8名、副教授4名、全国知名专家10名、博士生导师1名、硕士导师8名。护士24名、主管护师3名。现有住院病床65张，平均年出院人数4000人以上。外阜病人达35%以上。
　　诊治疾病范围和特色技术
　　该专科常年收治儿童常见及危重感染性疾病，独立收治疾病包括手足口病、麻疹、水痘、猩红热、流行性脑脊髓膜炎、流行性腮腺炎、流行性乙型脑炎、流行性感冒、败血症、感染性腹泻、细菌性痢疾、伤寒及副伤寒、婴儿肝炎综合征、病毒性肝炎、梅毒、肺吸虫病及其他寄生虫病、侵袭性真菌感染、传染性单核细胞综合征、结核病（各种类型肺结核、结核性脑膜炎）。在脓毒血症、危重手足口病、重型流行性乙型脑炎、肝功能衰竭、中毒型细菌性痢疾等危重疾病综合诊治水平居国内领先。对儿科疑难疾病发热待查、肝/脾肿大待查、黄疸待查、肝功能待查、胸/腹水待查的诊断为国内领先水平。并在重症感染及肝功能衰竭抢救开展了血浆置换技术，在重症结核性脑膜炎中采取鞘内注射、脑脊液置换术、Ommaya囊植入术、V-P分流术都取得成效。
　　1980年建立了专科化验室，常规开展各种细菌和真菌培养，包括溶血性链球菌、金黄色葡萄球菌、脑膜炎双球菌、白喉杆菌及各种肠道致病菌如霍乱弧菌、志贺菌、致病性大肠杆菌、产毒性大肠杆菌、沙门菌、空肠弯曲菌等的培养分离及耐药菌鉴定。标本涂片找抗酸杆菌、脑膜炎双球菌、白喉杆菌、隐球菌、真菌菌丝等。在病毒学检查方面，常规检测麻疹抗体、流行性腮腺炎抗体、流行性乙型脑炎抗体、EBV抗体、CMV抗体、肠道病毒抗体、单纯疱疹病毒抗体、流感病毒抗体等。依靠医院临床医学分子中心，开展了手足口病病原科萨奇A16、EV71病毒及其他肠道病毒核酸检测，HBV DNA、HCV RNA、EBV DNA 、CMV DNA以及结核DNA检测。
　　该科开展肝脏穿刺已13年，年龄最小为25天的新生儿，结合肝脏组织学检查及电镜超微结构检查，大大提高了对疑难肝病的诊断率。
　　多次组织卫生部医疗队到安徽、山东、河南等地儿童感染病流行地区进行支援，均出色地完成了救治任务；作为专家组，时常参与重庆市突发公共卫生事件的临床的救治和预防控制工作，参与各类应急及突发传染病救治决策方案的制定、会诊及指导等工作。在抗击“非典”、甲型H1N1流感、手足口病等疫情中，始终坚守在防治的第一线。多人作为西南地区免疫规划专家组成员，常年参与重庆市CDC异常接种反应的应急处理，均受到高度赞誉。近五年有3人次参加万名医生下乡及支援灾区医院重建也得到上级领导及当地医院的好评。近五年接受外来进修人员培训600余人次，其中专科进修60余人次，有127名各级医师来自全国15个省市县。