重庆医科大学儿童医院消化科前身为感染消化科，2012年2月拥有消化专科病房，目前由消化专科病房、消化内镜中心、感染消化病实验室、消化专科门诊等组成。拥有54张固定床位和一支专业的医疗和护理队伍，目前共有医生9人，其中正高级职称1人，副高级职称2人，中级职称2人，初级职称4人，均为硕士研究生以上学历，博士或在读博士研究生4人，专业护理队伍21人。承担儿童医院消化系统疾病的临床、科研、教学等各项工作。并对省（市）内外各级医院疑难儿科消化系统疾病患者进行会诊与治疗指导。病房年收住患儿达2400例次，外埠病人达35%以上，平均住院日约7天。医院消化科对小儿消化系统疑难杂症有较高的诊治水平。目前科室对儿童急慢性腹泻病，胃食道反流、慢性胃炎、儿童幽门螺杆菌感染、消化性溃疡、消化道出血、炎症性肠病、坏死性小肠结肠炎、消化道息肉、慢性腹痛、便秘、食物过敏相关胃肠道疾病、小肠淋巴管扩张症、婴儿肝炎综合症、婴儿胆汁淤积症、巨细胞病毒性肝炎、急慢性胰腺炎、短肠综合征、营养不良及儿童肠内外营养支持等小儿胃肠肝胆营养性疾病有丰富的临床诊治经验，诊治率达90%以上，部分疾病的诊治研究处于全国领先。
　　1997年开展儿童胃镜检查，2003年率先在全国开展儿童无痛胃镜检查，2010年开展儿童无痛结肠镜检查，目前儿童无痛胃镜的检查及内镜下诊治年达3500例次，结肠镜检查及治疗达500例次以上。消化内镜室目前已开展儿童无痛胃镜检查及内镜下治疗技术：小儿慢性胃炎、幽门螺杆菌相关性胃炎、胆汁反流性胃炎、嗜酸细胞性胃肠炎、反流性/嗜酸细胞性食管炎、上消化道出血、食道裂孔疝，贲门失弛缓症，腹型过敏性紫癜、原发性小肠淋巴管扩展症、上消化道畸形等各种消化道疾病的上消化道内镜检查，并开展上消化道出血的内镜下处理，上消化道异物钳取，上消化道息肉高频电凝摘除，胃扭转复位等内镜下治疗；儿童结肠镜检查及内镜下治疗：下消化道出血的结肠镜检查，儿童炎症性肠病，各种结肠炎（如伪膜性肠炎，食物蛋白性结直肠炎，真菌性肠炎，肠结核，阿米巴肠炎等）的诊断，术中结肠镜检查，并开展结直肠息肉内镜下高频电凝摘除等镜下治疗。开展消化道感染病原学的检测、24小时食管pH检测、小儿经皮肝穿刺组织学检查技术、肠内外营养各项支持技术（鼻胃管、鼻空肠营养管、胃造瘘、胃造瘘空肠管、PICC等）。